Affymetrix基因芯片原始数据噪声分析与应用  

The Application of Noise Characteristics of Primary Affymetrix GeneChip~ Data

作　　者：金圣华[1,2] 刘学军[1] 张礼[1] 

机构地区：[1]南京航空航天大学计算机科学与技术学院,南京210016 [2]淮阴工学院计算机工程学院,淮安223001

出　　处：《中国生物医学工程学报》2011年第3期382-387,共6页Chinese Journal of Biomedical Engineering

基　　金：国家自然科学基金(60703016);教育部高校博士点基金(20070287051);教育部留学回国科研启动基金;南京航空航天大学基本科研业务费专项(NS2010104)

摘　　要：基于杂交原理的生物芯片技术由于实验中非特异性杂交的存在,导致实验数据包含较高的噪声。针对目前广泛使用的Affymetrix GeneChip基因芯片,通过对原始数据进行分析研究,得到探针中间3个核苷酸序列和MM探针与PM探针灰度比值的对应关系;将该对应关系嵌入到基因表达水平的计算中,以改进原有的一个先进的计算基因表达水平的概率模型mmgMOS。通过在标准的spike-in数据集和一个真实的老鼠胚胎数据集上的测试,证明改进的模型有效地提高了基因表达水平计算的精度,同时显著地提高了计算效率,在一定程度上降低了非特异性杂交引起的噪声影响。Hybridization-based microarray technology obtains noisy data due to cross-hybridization.This paper studies the probe-level data obtained from widely used Affymetrix GeneChip and reveals the correlation between the middle three nucleotides of probes and the ratios of mm/pm.This correlation is applied in an advanced probe-level analyses model mmgMOS.Experiment results on a standard spike-in dataset and a real mouse embryo dataset show that the accuracy and efficiency of the expanded model are improved significantly and the influence of the noise caused by cross-hybridization is decreased to some degree.

关 键 词：生物信息学 基因芯片 基因表达水平 概率方法 

分 类 号：TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术]