应用BIGIS-4测序系统完成Glaciecola mesophila sp.nov.的全基因组测序和组装  

作　　者：袁丽娜[1] 任鲁风[1] 李运涛[2] 韩伟静[2] 俞勇[3] 楚亚男[1] 刘贵明[1] 于丹[1] 滕明静[1] 王亮[1] 王绪敏[1] 周晓光[2] 俞育德[2] 于军[1] 

机构地区：[1]中国科学院北京基因组研究所中国科学院基因组科学及信息重点实验室,北京100029 [2]中国科学院半导体研究所集成光电子学国家重点实验室,北京100083 [3]中国极地研究中心国家海洋局极地科学重点实验室,上海200136

出　　处：《中国科学：生命科学》2011年第7期544-549,共6页Scientia Sinica(Vitae)

基　　金：中国科学院科研装备研制项目(批准号:YZ200823);国家自然科学基金(批准号:61007033;30971610和40906097);中国科学院北京基因组研究所自主立项经费资助

摘　　要：BIGIS-4是中国新一代基于焦磷酸测序技术的测序仪.本实验利用BIGIS-4完成了对Glacielola mesophila sp.nov.(Gmn)的全基因组测序.Gmn是一株从海洋无脊椎动物体内分离到的革兰氏阴性菌.BIGIS-4测序得到152043个高质量的测序片段,平均读长406bp.测序片段由BIGIS-4系统后处理模块组装.除单核苷酸同聚体引起的测序错误外,测序结果中没有检测到其他低质量错误.Gmn基因组全长5144318bp,共注释得到4303个基因,其中有大量的代谢基因,与菌种在海洋表面非脊椎动物的生长环境相关.Gmn的冷适应和信号转导相关基因为其对海洋低温环境的适应提供了依据.

关 键 词：Glacielola mesophila SP.NOV BIGIS-4测序系统 海洋环境的适应 

分 类 号：Q78[生物学—分子生物学]