基于SSE2的Smith-Waterman算法并行优化  

作　　者：王艳[1] 

机构地区：[1]安徽交通职业技术学院,安徽合肥230051

出　　处：《赤峰学院学报（科学教育版）》2011年第7期107-112,共6页JOURNAL OF CHIFENG UNIVERSITY

基　　金：高校省级优秀青年人才基金项目(2011SQRL184);教育部博士点新教师基金项目(20100111120023)

摘　　要：随着计算机技术的发展,单核处理器主频的提高已不能满足计算的需要,高性能计算与服务器领域迫切地需要多核处理器发挥强大的处理能力,多核计算技术已成为当今计算技术的发展趋势。文章基于Intel多媒体指令集SSE2,使用SIMD指令对Smith-Waterman算法的并行算法进行了优化,给出了算法的并行分治策略和SSE2优化方法。算法的并行实现使用MPI和OpenMP混编,并使用SSE2指令集做优化。程序运行在曙光4000A机群系统上,比普通的SW并行算法运行速度提高了2倍以上。

关 键 词：多核 序列比对 并行 优化 

分 类 号：TP301[自动化与计算机技术—计算机系统结构]