Stanford HIVDB和ViroSeq V2.8对HIV-1基因型耐药解释一致性评价  

Comparative evaluation of two interpretation algorithms for genotypic drug resistance of human immunodeficiency virus-1: Stanford HIVDB and ViroSeq V2.8

作　　者：周海卫[1] 宋川[1] 冯鑫[1] 郝禹[1] 赵红心[2] 李兴旺[2] 王玉光[3] 张福杰[4] 曾辉[1] 

机构地区：[1]首都医科大学附属北京地坛医院传染病研究所,北京100015 [2]首都医科大学附属北京地坛医院感染中心,北京100015 [3]首都医科大学附属北京地坛医院中西医结合科,北京100015 [4]中国疾病预防控制中心性病艾滋病预防控制中心

出　　处：《中华实验和临床感染病杂志（电子版）》2011年第3期5-8,共4页Chinese Journal of Experimental and Clinical Infectious Diseases(Electronic Edition)

基　　金：中医药防治艾滋病临床科研基地建设(2009ZX10005-014)

摘　　要：目的比较Stanford HIVDB耐药数据库和ViroSeq V2.8系统对HIV-1基因型耐药结果解释的一致性。方法对2008至2010年本课题组所收集的47例HIV-1耐药检测质控品的基因型耐药结果分别使用Stanford HIVDB耐药数据库和ViroSeq V2.8系统进行耐药解释,解释结果分为3个水平：耐药、可能耐药及敏感。对两种耐药解释结果进行加权Kappa一致性检验,评价两种方法在基因型耐药结果解释方面的一致性。结果除药物ETR的两种解释结果一致性为极弱外（加权Kappa系数为0.17）,其余药物为高度一致（加权Kappa系数为0.61~0.80）或一致性极强（加权Kappa系数为〉0.80）。结论两种方法对我国正在使用的11种抗病毒药物耐药解释具有较好的一致性,可以将In-house方法作为对我国资源有限地区抗病毒治疗人群耐药监测的手段。Objective To evaluate the concordance in predicting genotypic drug resistance between two interpretation algorithms （HIVDB and ViroSeq V2.8）.Methods Total of 47 HIV-1 plasma samples collected from 2008 to 2010 were analyzed.Two available algorithms were applied on each of the sequences： Stanford HIVDB and ViroSeq V2.8.Genotypic interpretations were normalized to a three-level output： resistance,possible resistance and none.The concordance among the genotypic interpretation algorithms was analyzed by a weighted Kappa statistic.Results The weighted Kappa values for drugs between two interpretation algorithms ranged from 0.70 to 1.00 （substantial agreement or almost perfect agreement）,except for ETR （the weighted Kappa value = 0.17,slight agreement）.Conclusions Stanford HIVDB provided comparable results to those of ViroSeq V2.8 for drugs used in China.The In-house assay is applicable for resource-limited settings in China due to its lower cost.

关 键 词：人免疫缺陷病毒 基因型 抗药性 数据说明 统计 

分 类 号：R440[医药卫生—诊断学]