在大肠杆菌和沙门氏菌中整合位点为tmRNA的串联基因岛的模式和整合的时序性  

作　　者：宋磊[1,2] 姜彦竹[1] 张雪洪[1] 

机构地区：[1]微生物代谢国家重点实验室、上海交通大学生命科学技术学院,上海200240 [2]上海师范大学生命与环境科学学院,上海200234

出　　处：《科学通报》2011年第32期2689-2698,共10页Chinese Science Bulletin

基　　金：国家自然科学基金(30821005;30870075);国家重点基础研究发展计划(2009CB118906);上海市重点学科建设项目(B203)资助

摘　　要：tmRNA是部分tRNA和一小段mRNA的结合体,已被证明是作为基因水平转移产物之一的基因岛的整合位点.我们通过序列比对和比较基因组学的方法确定了散布在肠杆菌科的13个属中整合位点为tmRNA的68个基因岛,其中53个基因岛属于大肠杆菌(Escherichia coli)和沙门氏菌(Salmonella enterica).在这53个基因岛中,S.enterica subsp.enterica serovar Agonastr.SL483等8个基因组,E.coliS88和E.coliO55:H7str.CB9615中发现了2个及以上连续的基因岛,即形成了串联基因岛.其中,S.enterica subsp.enterica serovar Typhimurium SL1344中发现在该位点有3个连续的基因岛组成的串联基因岛.通过在大肠杆菌和沙门氏菌已测序的基因组中分析整合位点为tmRNA的可变区,发现大多数的基因组除了在可变区中包括了基因岛区之外,还有一段残余的可变区.确定了串联基因岛进入基因组的时间顺序,即远离tmRNA的基因岛先于靠近tmRNA的基因岛整合进入该基因组中.上述的基因岛中整合酶主要有3种类型,分别是HP1整合酶,PhiCTX整合酶和P4整合酶,以P4整合酶所占的比例最多.在串联基因岛中,远离tmRNA的基因岛中的整合酶是P4整合酶,其次是PhiCTX整合酶,最靠近tmRNA的基因岛所用的整合酶是HP1整合酶,由此可以得出tmRNA是研究串联基因岛的遗传与进化的重要位点的结论.

关 键 词：基因岛 TMRNA 多重整合 整合的时序性 

分 类 号：Q933[生物学—微生物学]