基于Java3D的蛋白质相互作用网络成像软件  

PINE: A Visual Software for Protein-Protein Interaction Based on Java3D

作　　者：金鼎立[1] 答亮[2] 冯铁男[1] 王翼飞[1] 

机构地区：[1]上海大学数学系,上海200444 [2]上海中国科学院上海生物化学与细胞生物学研究所,200031

出　　处：《微计算机信息》2011年第11期98-99,11,共3页Control & Automation

基　　金：基金申请人:答亮;项目名称:新的端粒酶抑制蛋白LPTS的抗肿瘤药效研究;基金颁发部门:国家科技重大专项(2009ZX09103-686);基金申请人:答亮;项目名称:乙肝病毒X蛋白(HBx)调节细胞自吞噬的分子机制研究;基金颁发部门:国家自然科学基金(30971480)

摘　　要：蛋白质-蛋白质相互作用网络三维呈现对于蛋白质组学的进一步研究有着重要的促进作用。本文利用Java6.0开发工具包,设计了一个蛋白质相互作用网络显示的软件(Protein-Protein Interaction Network Expandor,简称PINE)。PINE从目前三个常用的蛋白质相关数据库中提取信息,经整合后将蛋白质的综合信息呈现给用户。在二维相互作用网络图的基础上,利用Java3D绘制了三维蛋白质相互作用网络图。此外,PINE还引入三维立体双图,增强了网络图的立体层次感。The display of protein-protein interaction network has positive improvement in proteomics science. Using visual tools package in Java 6.0, a software is developed which is called Protein-Protein Interaction Network Expandor（PINE）. PINE integrates three common databases and presents the summarized information of a certain protein to the users. Based on two dimension protein-protein interaction network graph, three dimension protein-protein interact network graph is drawn. Furthermore, stereo pair mode is also applied in PINE to make the three dimension protein-protein interact network graph become more stereo.

关 键 词：蛋白质-蛋白质相互作用网络 质心分布 三维显示 立体双图 

分 类 号：TP311.1[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]