平榛AGAMOUS基因的克隆与生物信息学分析  

Cloning and Bioinformatic Analysis of AGAMOUS Gene in Hazelnut(Corylus heterophylla Fischer)

作　　者：陈新[1] 王贵禧[1] 梁丽松[1] 马庆华[1] 

机构地区：[1]中国林业科学研究院林业研究所国家林业局林木培育重点实验室,北京100091

出　　处：《生物技术通报》2011年第11期207-211,共5页Biotechnology Bulletin

基　　金：国家"十一五"科技支撑计划(2006BAD01A1701);国家林业局"948"项目(2008204208)

摘　　要：以野生平榛(Corylus heterophylla Fischer)为试材,采用RT-PCR方法从花芽中获得了一个平榛AGAMOUS基因cDNA,命名为ChAG,GenBank登录号为JN828811。序列分析结果表明,ChAG基因编码一个长度为726 bp,编码241个氨基酸的开放阅读框。氨基酸序列分析显示,该基因属于MADS家族AG亚家族。序列比对和系统进化分析表明,ChAG基因与欧榛的亲缘关系最近,相似性达99%。采用生物信息学手段对ChAG基因的保守结构域、疏水性和二级结构等进行分析。a full-length cDNA sequence of AGAMOUS gene was obtained from floral buds of Corylus heterophylla Fischer using RT-PCR,named as ChAG gene（GenBank accession No.JN828811）.Sequence analysis indicated that ChAG genecontains an opening reading frame（ORF） of 726 bp encoding a 241 predicted amino acids,belongs to AG subfamily of MADS family.Sequence alignment and phylogenetic analysis revealed that ChAG gene shared more than 99% homology with Corylus avellana.Conserved functional domain,hydrophobicity/hydrophilicity,secondary structure,and homology tree of ChAG protein were analyzed by using bioinformatics methods

关 键 词：平榛 基因克隆 生物信息学 

分 类 号：S664.4[农业科学—果树学]