布鲁氏菌全基因组DNA芯片研制及比较基因组杂交方法的建立  

Whole genome DNA microarray construction and comparative genomic analysis of Brucella

作　　者：钟志军[1,2] 徐杰[2] 于爽[2] 王玉飞[2] 周冬生[3] 汪舟佳[2] 杜昕颖[2] 白耀霞[2] 陈燕芬[2] 付思美[2] 王同坤[2] 黄克和[4] 陈泽良[2] 彭广能[1] 

机构地区：[1]四川农业大学动物医学院动物疫病与人类健康四川省重点实验室,四川雅安625014 [2]军事医学科学院疾病预防控制所,北京100071 [3]军事医学科学院微生物流行病研究所,北京100071 [4]南京农业大学动物医学院,江苏南京210095

出　　处：《中国兽医科学》2011年第12期1215-1222,共8页Chinese Veterinary Science

基　　金：国家重点基础研究发展计划(973)项目(2009CB522602);国家自然科学基金项目(31000548);教育部"长江学者和创新团队发展规划"创新团队项目(IRT0848);四川农业大学双支计划项目(00270713)

摘　　要：为利用布鲁氏菌强毒株马耳他布鲁氏菌(B.melitensis)16M和流产布鲁氏菌(B.abortus)9-941全基因组序列,构建布鲁氏菌全基因组DNA芯片,并将其应用于比较基因组学分析,从基因库下载马耳他布鲁氏菌16M和流产布鲁氏菌9-941中的3 218个基因设计引物,经过条件优化和重新设计引物等方法进行大规模PCR扩增,成功扩增3 212条基因。产物纯化后点制醛基修饰玻片,每个基因2个点,加上阳性和阴性对照,芯片上合计6 912个探针。囊括了布鲁氏菌3 212条基因和阳性、阴性对照点。采用Cy3/Cy5双色荧光杂交技术,分别以马耳他布鲁氏菌16M和流产布鲁氏菌9-941作为参照和待测样本进行荧光双色杂交分析,成功建立了布鲁氏菌比较基因组杂交分析方法。若干质控杂交结果表明,建立的全基因组DNA芯片杂交结果与全基因组测序结果完全一致。证明成功建立了基于全基因组DNA芯片的布鲁氏菌比较基因组学技术平台。To develop whole genome DNA microarray based on the genomic of Brucella,a total of 3 218 genes of Br.abortus 16M and Brucella9-941 were downloaded from GenBank for primers design.After several rounds of condition optimization and redesign of primers,PCR products of 3 212 genes were finally obtained,purified and printed onto glass slides to construct a microarray.The microarray includes a total of 6 912 probes,including double spots for each gene,and positive and negative control.Using Cy3/Cy5 double staining the genes of Brucella 16M as reference sample and genes of Br.abortus 9-941 test samples,the comparative genomic hybridization was developed.The microarray hybridization results were perfectly consistent with the theory result.In conclusion,the microarray can be used as a useful tool for comparative genomic analysis of Brucella.

关 键 词：布鲁氏菌 DNA芯片 比较基因组学 

分 类 号：S855.12[农业科学—临床兽医学]