从真菌全基因组中筛选丛赤壳科的DNA条形码  

作　　者：曾昭清[1,2] 赵鹏[1] 罗晶[1] 庄文颖[1] 余知和[3] 

机构地区：[1]中国科学院微生物研究所,真菌学国家重点实验室,北京100101 [2]中国科学院研究生院,北京100049 [3]长江大学生命科学学院,荆州434025

出　　处：《中国科学：生命科学》2012年第1期55-63,共9页Scientia Sinica(Vitae)

基　　金：国家自然科学基金(批准号:31070015);科技部科技基础工作专项工程(批准号:2006FY120100);中国科学院知识创新工程(批准号:KSCX2-EW-J-6)资助项目

摘　　要：将粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较,根据E值大小预测同源序列,从中选择Hsp90,AAC,CDC48和EF3作为候选基因,以丛赤壳科(Nectriaceae)13个属34个概念清晰的种为材料,对215个序列片段采用不同方法进行分析,筛选适合于该科的DNA条形码.将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标.结果表明,Hsp90和AAC基因虽然具有较高的PCR扩增与测序成功率,但种内、种间距离频率分布存在重叠,可能导致部分种的鉴定错误;CDC48基因可以恰当地区分种内与种间差异,但扩增与测序成功率相对较低;EF3基因不存在种内、种间遗传距离重叠,序列容易获得,适合作为该科真菌的DNA条形码.

关 键 词：E值同源基因序列PCR扩增与测序成功率序列分析 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学]