正交设计优化草地早熟禾SRAP-PCR反应体系及引物筛选  

Optimization of SRAP-PCR system on Poa pratensis using orthogonal design and selection of primers

作　　者：任小巍[1,2] 王瑜[2] 袁庆华[2] 

机构地区：[1]兰州大学草地农业科技学院,甘肃兰州730020 [2]中国农业科学院北京畜牧兽医研究所,北京100193

出　　处：《草业科学》2012年第3期411-416,共6页Pratacultural Science

基　　金：国家"十二五"支撑项目(2011BAD17B01)

摘　　要：采用L9(34)正交试验设计方法,对草地早熟禾(Poa pratensis)基因组DNA SRAP-PCR反应体系中的TaqDNA聚合酶、Mg2+、引物及dNTP四因素的用量进行优化,并比较不同模板DNA用量对扩增的影响,建立草地早熟禾SRAP-PCR最佳反应体系,同时,利用该体系对SRAP引物进行筛选。结果表明,草地早熟禾SRAP-PCR最佳反应体系为Taq DNA聚合酶1.0U、Mg2+1.75mmol.L-1、引物0.25μmol.L-1、dNTP 220μmol.L-1、40ng模板DNA、2μL 10×PCR buffer,总体积20μL。运用该体系从100对SRAP引物中筛选出43对引物能够产生清晰稳定的扩增条带且多态性丰富。优化体系的建立及引物的筛选可为今后利用SRAP标记技术对草地早熟禾进行遗传多样性分析、图谱构建、种质资源鉴定奠定技术基础。An orthogonal design was used to optimize a SRAP-PCR system for Poa pratensis with 4 factors（Mg2＋,dNTP,primer and Taq polymerase） at 3 levels plus the concentration of template DNA.The optimized SRAP-PCR system was： 2 μL 10 × PCR buffer,40 ng template DNA,Mg2＋1.75 mmol·L-1,dNTP 220 μmol·L-1,primer 0.25 μmol·L-1,Taq DNA polymerase 1.0 U in a total of 20 μL reaction mixtures.With the optimized system,43 primer combinations were selected among 100 primer combinations,which produced abundant polymorphism bands.This study optimized SRAP-PCR system and selected the proper primers in P.pratensis,which would play an important role in genetic diversity analyses,map construction,germplasm identification in P.pratensis with SRAP markers.

关 键 词：草地早熟禾 SRAP标记 正交试验设计 引物筛选 

分 类 号：S688.4[农业科学—观赏园艺] Q945.79[农业科学—园艺学]