稻瘟菌Magnaporthe oryzae P-ATPases基因家族分析  

The Analysis of P-ATPase Gene Family in the Magnaporthe oryzae

作　　者：郭士伟[1] 李万昌[2] 彭陈[1] 袁玖辰[1] 方先文[1] 张云华[3] 

机构地区：[1]江苏省农业科学院粮食作物研究所江苏省优质水稻工程技术研究中心,南京210014 [2]河南师范大学生命科学学院,新乡453007 [3]安徽农业大学生命科学学院,合肥230036

出　　处：《生物信息学》2012年第1期15-19,共5页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：江苏省国际合作项目(BZ2011039);江苏省农业科技自主创新项目(0610803-5;cx(09)109)

摘　　要：利用TCDB(Transporter Classification Database)网站数据库中的P-ATPases氨基酸序列对稻瘟菌全基因组表达序列(Coding Sequence,CDS)数据库进行搜索和分析,共发现23个P-ATPases基因,进化树分析表明这23个基因分属于4个家族和7个亚家族。构建了本地ESTs数据库,通过P-ATPases基因CDS序列与EST序列比对分析发现,在这些基因中有20个存在EST同源体,另外3个基因没有发现EST同源体,因此这20个基因是真实P-ATPases基因的可能性更高。运用MEME程序分析了这些P-ATPases蛋白结构域的基序,有6种基序在90%以上的基因氨基酸序列中出现,属保守基序。对这23个P-ATPases基因GC含量的分析表明,它们的平均GC含量在0.519-0.628之间,稍高于稻瘟菌整个基因组GC平均含量(0.516),同时这些基因内各区段GC含量变化不大,没有明显的梯度变化。本文结果为下一步深入研究稻瘟菌中P-ATPases基因家族的功能奠定了基础。Twenty-three P-type ATPase genes were identified in Magnaporthe oryzae,the largest number yet identified in fungus kingdom,based on the genome-wide Coding Sequence（CDS）blast of Magnaporthe grisea using P-ATPases amino sequence from database.In order to confirm these genes in Magnaporthe oryzae,we aligned the candidate P-ATPase genes with Magnaporthe oryzae expression sequence tag（EST）database.Results showed that we collected EST evidence for 20 putative P-ATPase genes,which were more likely to be true P-ATPase genes,compared to 3 P-ATPase genes genes without EST.Phylogenetic analysis distinguished 4 distinct families,and 7 subfamilies.Six motifs were found in amino sequences of more than 90% genes,analyzed by MEME software.GC fraction analysis revealed that the average GC content of every P-ATPase gene was 0.519-0.628,some higher than 0.516,average GC content of Magnaporthe oryzae genome.It was also found there was no evident GC gradient change for every P-ATPase gene.The results will lay a foundation for the further function research of the P-ATPases in Magnaporthe oryzae

关 键 词：稻瘟菌 P-ATPases基因 EST GC含量 

分 类 号：Q51[生物学—生物化学]