大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼区碱基序列的生物信息学分析  

Bioinformatics analysis of the transcriptional regulation region of rat GLUT3 gene

作　　者：郑传宜[1,2] 杨堃[1] 李军亮[2] 白恩琪[3] 李方成[2] 

机构地区：[1]海南医学院附属医院神经外科,海南海口570102 [2]中山大学附属孙逸仙纪念医院神经外科,广东广州510120 [3]海南医学院附属医院检验科,海南海口570102

出　　处：《海南医学院学报》2012年第4期433-437,共5页Journal of Hainan Medical University

基　　金：海南省卫生厅科研基金资助项目(2009-56);广东省自然科学基金资助项目(7001600);国家自然科学基金资助项目(30770765)~~

摘　　要：目的:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区的碱基序列进行生物信息学分析,为后续的GLUT3基因的转录调控研究奠定基础。方法:通过搜索网络数据库,得到GLUT3基因现有的转录本序列以及翻译起始点上游6kb的序列。运用CpG island searcher,methprimer等软件对上述序列进行分析,预测出该段序列潜在的CpG岛,运用FirstEF、NNPP等软件分析可能的启动子区域以及运用Matlspector、TFSEARCH和TFBIND等软件分析潜在的转录因子结合位点。结果:GLUT3基因的启动子可能位于翻译起始点上游-795～-226bp(以翻译起始点ATG为+1),第一外显子位于-285～+15bp,在这段序列上存在包括SP1、CREBP、P300、AML1、NF1等约110多种转录因子的潜在结合位点。结论:对大鼠GLUT3基因第一外显子5′侧翼转录调控区序列进行了初步的生物信息学分析,为后续试验提供了研究基础。Objective： To explore the information included in the 5′flanking region of the first exon of rat GLUT3 gene.Methods：The complete sequence of the rat GLUT3 gene and all reported transcripts of this gene were collected through searching online database.The first exon,first intron and 5′UTR sequences were analyzed by FirstEF,methprimer,NNPP,Matlspector,TFSEARCH,TFBIND,etc,to predict potential CpG Island,the probable promoter region and transcriptional factors binding sites.Results：The promoter of rat GLUT3 gene may be located in-795——226 bp（according to ATG）,the first exon is in-285-＋15 bp.There were about 110 transcriptional factors binding sites,including SP1,CREBP,P300,AML1,NF1,etc.Conclusions：We have finished an analysis of the 5＇flanking region of rat GLUT3 gene,which offer basis for the study on transcriptional regulation mechanism of this gene.

关 键 词：大鼠 GLUT3基因 转录调控 生物信息学 

分 类 号：Q95-33[生物学—动物学] Q344.14