Endophilin B1基因及蛋白的生物信息学分析  

Bioinformatics Analysis of Endophilin B1 Gene and Protein

作　　者：王铸[1] 何霞[1] 冯发深[1] 关琳琳[1] 徐霖[1] 张定梅[1] 汪杨[1] 罗燕芬[1] 曹开源[1] 

机构地区：[1]中山大学临床检验标准化研究中心,广东广州510080

出　　处：《现代生物医学进展》2012年第12期2212-2219,共8页Progress in Modern Biomedicine

基　　金：国家自然科学基金资助项目(81071760)

摘　　要：目的:利用生物信息学方法分析人Endophilin B1基因以及蛋白的结构,为进一步研究其功能和参与的调控机制提供一定的理论依据。方法:通过GenBank搜索Endophilin B1基因及蛋白序列,采用生物信息学方法分析该基因在不同物种中的差异,分析该蛋白的亚细胞定位,二级结构,功能域以及抗原表位。结果:该基因编码一个长度为365个氨基酸的蛋白,具有两个BAR和SH3两个功能域。Endophilin B1蛋白理论分子量为40796.3,理论等电点为5.78。二级结构中α螺旋(H)占56.44%,β折叠(E)占5.48%,无规卷曲占38.08%。Endophilin B1蛋白含有4个可能的N连接糖基化位点,5个潜在的酪蛋白激酶II磷酸化位点,7个豆蔻酰基化位点,3个PKC磷酸化位点以及2个酪氨酸激酶磷酸化位点。并进一步利用DNAstar软件分析了了该蛋白的抗原表位。结论:利用生物信息学预测出的结构和功能信息,能为Endophin B1蛋白的相关研究提供一定的信息基础。Objective： To investigate the function and regulatory mechanisms of human Endophilin B1 gene and protein in human disease. Mothods： Search Endophilin B1 gene and protein sequences from GenBank. The differences in different species, subcelluar location, secondary stmture, functional domains and epitopes were analyzed by using Bioinformatics tools. Results： The gene encodes a length of 365 amina acid protein with two fimctional domains, BAR and SH3 domain. Its molecular weight is 40796.3, theoretical isoeleetric point is 5.78. α-helix secondary structure （H） accounted for 56.44%, 13 fold （E） accounted for 5.48%, random coil accounting for 38.08%. Endophilin B1 protein contains four potential N-linked glycosylation sites, five potential casein kinase II phosphorylation sites, seven cardamom acylation sites, three PKC phosphorylation sites and two tyrosine kinase phosphorylation sites. And a further analyzed of its protein epitopes by DNAstar software was completed. Conclusion： More biological information about Endophilin B 1 gene and protein was analyzed, which provide some basic information for further research.

关 键 词：Bif-1/Endophilin B1 BAR DOMAIN SH3 DOMAIN 生物信息学 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学] Q78