人类白细胞抗原HLA-B*5701和B*5801肽亲和特异性  

作　　者：张亚兰[1] 梅虎[1,2] 王青[2] 谢江安[2] 吕娟[2] 潘显超[2] 谭文[2] 

机构地区：[1]重庆大学生物工程学院,生物流变科学与技术教育部重点实验室,重庆400044 [2]重庆大学生物工程学院,重庆400044

出　　处：《中国科学：生命科学》2012年第8期629-638,共10页Scientia Sinica(Vitae)

基　　金：国家自然科学基金面上项目(批准号:61073135);重庆市自然科学基金重点项目(批准号:CSTC;2009BA5068)资助

摘　　要：全基因组关联分析研究发现,abacavir的严重毒副作用具HLA-B*5701限制性,而仅在4个氨基酸位点存在差异的B*5801携带者却无明显反应,推测是由于B*5801无法结合致敏相关特异性多肽所致.因此,比较分析B*5701和B*5801的多肽亲和特性及B*5701特异性肽库是探索abacavir限制性毒副作用机理的首要内容.本文基于IEDB数据库,采用VHSE结构表征方法,建立了HLA-B*5701和B*5801多肽亲和活性的支持向量机预测模型,其最优线性模型的R2,10-fold交互验证Q2和外部预测RPRE2分别为0.7530,0.7037,0.6153(B*5701)和0.6074,0.5966,0.5762(B*5801).研究表明,位于结合凹槽B口袋附近的45(MET-THR)和46(ALA-GLU)位突变残基对B*5701和B*5801结合肽P2位的氨基酸选择特异性影响较小,二者在P2位优先选择的氨基酸种类基本一致,仅在优先选择顺序上有所差异;位于C口袋和E口袋间的97位(VAL-ARG)突变残基明显改变了P7位氨基酸的选择偏好.对于HLA-B*5701,其P7位优先选择大体积正电性氨基酸(ARG,HIS,LYS),而B*5801则优先选择非极性的疏水性氨基酸,且正电性氨基酸对结合极为不利.

关 键 词：人类白细胞抗原 B＊5701 B＊5801 SVMP-I理论 VHSE 

分 类 号：R392.1[医药卫生—免疫学]