一种新的DNA序列进化距离的修正方法  

A New Correct Method of DNA Sequence Genetic Distance

作　　者：邢林林[1] 郭茂祖[1] 王娟[1] 

机构地区：[1]哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨150001

出　　处：《智能计算机与应用》2012年第4期35-39,43,共6页Intelligent Computer and Applications

基　　金：国家自然科学基金(60932008;61172098);高等学校博士学科点专项科研基金(20112302110040);中央高校基本科研业务费专项资金(HIT.ICRST.2010 022)

摘　　要：进化树是推演生命历史的一个重要工具。在构建进化树的所有算法中,基于进化距离的算法是其中研究的重点。但是,这一方法较为严重地依赖着距离矩阵的质量。人们开发了多种基于生物事实的进化模型来改进距离矩阵的构建过程,很大程度上提高了进化距离的准确性。同时,也提出了许多方法来检测距离矩阵的质量。文中提出了基于模型的距离以及p距离,采用一种组合的新距离的方式来构建距离矩阵。同时采用直接检测距离矩阵的统计学计分方法以及构建进化树,对比实验结果表明文中的方法实用且有效。Phylogenetic tree is an important tool for the history of life inference. In several kinds of methods of constructing a phyloge- netic tree, distance-based method is the research hotspot. But this method is highly related to the quality of distance matrix. Several evolu- tionary models have been introduced to improve the quality of distance matrix. In the same time, some methods are developed to directly test the matrix. This paper uses a combined method to solve the incomplete values of the distance matrix, and uses some statistics score, therefore, constructs genetic tree.The compared experiment proves the validity of the proposed method.

关 键 词：距离矩阵 核苷酸替换模型 组合距离 进化距离 

分 类 号：TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术]