羊口疮病毒B2L蛋白二级结构及其细胞表位的预测  

Prediction of secondary structure and cell epitopes of B2L protein of orf virus

作　　者：王光祥[1] 尚佑军[1] 吕占禄[1] 田宏[1] 张克山[1] 刘湘涛[1] 

机构地区：[1]中国农业科学院兰州兽医研究所家畜疫病病原生物学国家重点实验室国家口蹄疫参考实验室农业部畜禽病毒学重点开放实验室,甘肃兰州730046

出　　处：《中国兽医科学》2012年第11期1133-1138,共6页Chinese Veterinary Science

基　　金：国家现代肉羊产业技术体系项目(CARS-39);"十一五"国家科技支撑计划项目(2006BAD06A17)

摘　　要：采用网络平台的SOPMA服务器和DNAStar软件预测羊口疮病毒(ORFV)B2L蛋白的二级结构;综合利用DNAStar软件、二级结构预测及ABCpred方案预测羊口疮病毒B2L蛋白的B细胞表位;分别采用人工神经网络法(ANNA)和在线程序预测羊口疮病毒B2L蛋白的细胞毒性T细胞和辅助T细胞的抗原表位。结果显示,羊口疮病毒B2L蛋白的整个结构中α-螺旋区域和无规则卷曲区域出现得较多,其中α-螺旋占30.42%,β-片层占24.34%,β-转角占5.56%,无规则卷曲占39.68%;有6个优势B细胞表位,3个细胞毒性T细胞表位和2个辅助T细胞表位。本研究为ORFV诊断方法的建立、单克隆抗体的制备及表位疫苗的研制提供了理论依据。The secondary structure of B2L protein of orf virus（ORFV） was predicted using the network platform SOPMA server and DNAStar software. The B cell epitopes of ORFV B2L protein were predicted by comprehensive utilization of the DNAStar software, secondary structure prediction and ABCpred program. The cytotoxic T cell and T helper epitopes of ORFV B2L protein were predicted using the artificial neural network（ANNA） and the online program. The results showed that ORFV B2L protein was composed with a-helixes（30.42%） ,random coils（39.68%） ,β-sheet（24.34%） and β-turn（5.56%）. And the ORFV B2L protein had 6 B cell epitopes, 3 cytotoxic T cell epitopes and 2 T helper epitopes. The result provided theoretical foundations for the establishment of ORFV diagnostic methods,preparation of monoclonal antibody and development of epitope vaccine against ORFV.

关 键 词：羊口疮病毒 B2L基因 二级结构 B细胞表位 T细胞表位 预测 

分 类 号：S852.659.1[农业科学—基础兽医学]