罗非鱼源无乳链球菌S-核糖基高半胱氨酸酶基因(luxS)的克隆及其推导蛋白的三维结构预测  被引量:2

Cloning of Streptococcus agalactiae luxS gene from tilapia and 3D structure prediction of deduced protein

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作  者:马艳平[1] 李嘉彬[1] 郝乐[1] 刘振兴[1] 冯国清[1] 周结珊[1] 柯浩[1] 

机构地区:[1]广东省农业科学院兽医研究所广东省兽医公共卫生公共实验室,广东广州510640

出  处:《南方水产科学》2013年第1期43-47,共5页South China Fisheries Science

基  金:广东省农业科学院兽医研究所所长基金项目(2011SZJJ005);广州市农业科技攻关项目(GZCQC1202FG04002-01)

摘  要:利用PCR技术对罗非鱼源无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)S-核糖基高半胱氨酸酶(luxS)基因全长DNA进行了扩增、克隆和序列测定,采用ExPAsy软件包预测了推导蛋白的特性,利用SwisS-Model服务器建立了luxS三维结构,利用SwisS-PDBviewer软件进行了蛋白质三维结构的分析。预测结果显示,罗非鱼源无乳链球菌luxS推导蛋白包括保守的酶活性中心和锌结合位点,具有影响生物被膜形成、毒力因子调控等特性功能;经拉氏构象图(Ramachandran plot)分析,所构建的luxS的空间结构合理。We have amplified, cloned and determined the sequence of Streptococcus agalactiae luxS gene from Tilapia sp. by PCR. The characteristics of the deduced luxS protein were predicted by ExPAsy software; the 3D structures of luxS and the deduced protein were established and analyzed by SWISS-Model and SwisS-PDBviewer software, respectively. The results indicate that the deduced luxS protein contains conserved active center and Zn2+ binding site, which may affect biofilm formation and regulate virulence factor. The Ramachandram plot shows that the structure of modeled luxS protein is reasonable.

关 键 词:罗非鱼 无乳链球菌 S-核糖基高半胱氨酸酶 三维结构 

分 类 号:S941.42[农业科学—水产养殖]

 

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