新抗菌肽设计及活性与功能预测  

Design of New Antimicrobial Peptides and Prediction of Its Activity and Function

作　　者：杨丽敏[1] 黄燕[1] 张日俊[2] 

机构地区：[1]中国农业大学信息与电气工程学院,北京100083 [2]中国农业大学饲料生物技术实验室动物营养学国家重点实验室,北京100083

出　　处：《计算机与现代化》2013年第2期138-142,共5页Computer and Modernization

基　　金：高等学校博士学科点专项科研基金资助项目(20110008110002);国家自然科学基金资助项目(31272476)

摘　　要：通过对影响抗菌肽活性因子的分析,确定可量化的因子参数,并对已有抗菌肽的活性因子数据进行统计分析,得到参数取值范围。采用Java技术,对已有抗菌肽序列进行剪切拼接,得到新肽。根据参数取值范围判断新肽,是否有活性,并进行功能预测,同时对抗菌肽构建三维空间结构图。分析证明,亲水端正电荷量是四类抗菌肽具有抗菌活性的重要共性;疏水氨基酸残基百分比和α-螺旋百分比两因子对区分四类抗菌肽功能效果显著。This paper determines the parameters of quantization factor through analyzing the impact of antimicrobial peptide activity factor.Then,it analyzes activity factor data of existing antimicrobial peptide,and obtains range of parameters.To get new peptide,it shears and links existing antimicrobial peptides＇ sequence by using Java technology.At last,according to the parameter range it predicts activity and function of new peptide.At the same time,it builds the three-dimensional structure of antimicrobial peptide.The results show that net charge of four antimicrobial peptides is identical;however,it is essential to antibacterial activity.Hydrophobic residue% and α-helix% have significant effect on distinguishing four types of antimicrobial peptides.

关 键 词：Α-螺旋 活性因子 活性预测 功能预测 抗菌肽 3D结构 

分 类 号：TP319[自动化与计算机技术—计算机软件与理论]