全基因组关联研究meta分析搜寻中国汉族人系统性红斑狼疮易感基因  

作　　者：汤华阳[1] 张学军[1] 

机构地区：[1]安徽医科大学皮肤病研究所

出　　处：《安徽医科大学学报》2013年第7期F0003-F0003,共1页Acta Universitatis Medicinalis Anhui

基　　金：973计划前期研究专项(编号:2011CB512103);国家自然科学基金面上项目(编号:81171505;81071940)

摘　　要：目的在中国大陆汉族人群和中国香港汉族人群的两项全基因组关联研究(GWAS)研究基础上,利用GWAS meta分析方法搜寻与系统性红斑狼疮(SLE)关联的遗传变异,进一步鉴定中国汉族人SLE的易感基因/位点。方法利用中国大陆汉族人SLE GWAS数据[1 047例SLE患者和1 205例正常对照,493 955单核苷酸多态性(SNPs)]和中国香港汉族人SLE GWAS数据(612例SLE患者和2 193例正常对照,514 221 SNPs),参照HapMap和千人基因组计划中国汉族人数据,分别进行基因型推测后利用METAL软件进行meta分析,与既往报道SLE的GWAS结果进行比较,初步发现与SLE关联的候选SNP。选取最有统计学意义的一些SNPs,在其他独立的中国大陆汉族人群中验证(1 104例病例和3 312例正常对照),并通过连锁不平衡分析和重组率作图指示出SLE遗传易感区域或者易感基因。结果通过全基因组关联研究meta分析,既往报道易感基因/区域HLA(6p21)、TNFSF4(1q25.1)、STAT4(2q32.3)、TNFAIP3(6q23.3)、IRF5(7q32.1)、BLK(8p23.1)、WDFY4(10q11.23)和ETS1(11q24.3)的30个SNPs达到全基因组关联水平(P_meta<5.0×10-8),进一步在中国汉族人群中证实以上基因对SLE的易感性。通过与高加索人群比较,WDFY4、ETS1、DDX6、SLC15A4、RAS-GRP3、HIP1和ZNF689/PRR14与SLE的关联性仅在亚洲人群报道,其中WDFY4和ETS1在meta分析中达到全基因组关联水平。根据meta分析结果,选择非MHC区域并且尚未报道区域中较为显著的31个SNPs(P<5.0×10-4)在独立的中国汉族人群中进行验证,发现11个SNPs在验证人群显示与SLE可能存在关联(P<0.05)。合并3个独立人群的数据分析后显示rs6804441(3q13.3)和rs6705628(2p13.1)与SLE显著关联(Pcombined<5×10-8);另外发现rs2785197(11p13)、rs2252996(10q22.1)、rs11717455(3p22.2)、rs10892301(11q23.3)和rs4622329(12q23.2)与SLE提示关联(5.38×10-7≤Pcombined≤5.98×10-6)。深入分析新发现的2个关联信号和5个提示关联信号,对每个关联SNP周�

关 键 词：META分析方法 系统性红斑狼疮 中国汉族人 狼疮易感基因 全基因组 SLE患者 单核苷酸多态性 汉族人群 

分 类 号：R195.1[医药卫生—卫生统计学]