抑制剂PMI与MDM2结合模式的分子动力学研究  

Insights into binding modes of inhibitors PMI to MDM2 based on molecular dynamics simulations

作　　者：时术华[1] 陈建中[2] 张庆刚[3] 张少龙[3] 

机构地区：[1]山东建筑大学理学院,山东济南250101 [2]山东交通学院理学院,山东济南250023 [3]山东师范大学物理与电子科学学院,山东济南250014

出　　处：《山东建筑大学学报》2013年第2期101-105,共5页Journal of Shandong Jianzhu University

基　　金：国家自然科学基金项目(11274206);山东省自然科学基金项目(ZR2011HM048);山东建筑大学博士科研基金项目(XNBS1268)

摘　　要：p53-MDM2相互作用已经成为治疗癌症药物设计的重要靶标。采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了肽类抑制剂PMI与MDM2的绝对结合自由能,通过基于残基的自由能分解方法计算了MDM2的各残基与PMI的相互作用。结果表明:CH-π、CH-CH和π-π相互作用驱动了PMI在MDM2疏水性裂缝中的结合;相关矩阵的计算表明PMI在一定程度上诱导了MDM2内部的相关运动。The p53 - MDM2 interaction has been an important target of anti-cancer drug design. Molecular dynamics simulations coupled with molecular meehanics/Poisson Bohzmann surface area method （MM - PBSA ） are performed to calculate the absolute binding free energies of peptide inhibitor PMI. Residue-based free energy decomposition method is adopted to compute the interactions of separate residues of MDM2 with PMI. The results prove that the CH - π, CH - CH and π-π interactions drive the binding of the inhibitor PMI in the hydrophobic cleft of MDM2. The calculation of cross-correlation matrix shows that PMI results in the correlation motion in MDM2. The study will provide important dynamic information for anti-cancer drug designs.

关 键 词：物理化学 p53-MDM2相互作用 分子动力学模拟 相关矩阵 PMI 

分 类 号：O561.5[理学—原子与分子物理]