耐药肺炎克雷伯菌JM45株氨基糖苷类药物耐药比较基因组学分析  

Comparative genomics analysis of aminoglycoside resistance in multi-drug resistant Klebsiella pneumoniae JM45 isolate

作　　者：朱健铭 姜如金[1] 吴晋兰[2] 吴康乐[1] 张烽[3] 翁幸鐾[4] 孔海深[5] 张嵘[6] 

机构地区：[1]杭州市余杭区中医院检验科,311106 [2]杭州市余杭区第五人民医院内科 [3]南通大学附属第三医院检验科 [4]宁波市第一医院检验科 [5]浙江大学医学院附属第一医院传染病诊治国家重点实验室 [6]浙江大学医学院附属第二医院检验科

出　　处：《中华传染病杂志》2013年第6期327-330,共4页Chinese Journal of Infectious Diseases

基　　金：国家“十一五”科技重大专项（2008ZX100-03-004）;杭州市科技局科技计划项目（20110833B48）;杭州市卫生科技计划项目（2010B078）;杭州市余杭区重大科技项目（2012001）

摘　　要：目的了解1株多耐药肺炎克雷伯菌JM45株对氨基糖苷类药物耐药的遗传学背景。方法采用罗氏454高通量测序技术对肺炎克雷伯菌JM45株做全基因组测序（完成图），再分析氨基糖苷类修饰酶基因、16S核糖体RNA（rRNA）甲基化酶基因检测状况，并和其他已经完成全基因组测序的革兰阴性菌作比较基因组学分析。结果最终得到肺炎克雷伯菌JM45株1条完整的基因组（染色体）序列及2条质粒序列。基因组（染色体）序列为5273812bp（GC含量65．8％），质粒1序列为317156bp（GC含量53．0％），质粒2序列为12209bp（GC含量55．3％）。在质粒1中发现了氨基糖苷类腺苷转移酶基因aadA2（KPN_5186）和16SrRNA甲基化酶基因rmtB（KPN_5243）。由全基因组洲序可见aadA2基因位于整合子中，排序为intIA-DfrA12aadA2-OFf3／qacE；rmtB基因位于转座子中，排序为tnpA-TEM-1-rmtB。结论携带aadA2和rmtB基因是JM45株耐氨基糖苷类药物的丰要原因。Objective To investigate genetic background of aminoglycoside resistance in multi drug resistant Klebsiella pneumoniae JM45 isolate. Methods Whole genome sequencing （complete graph） was performed by high throughput Roche 454 sequencing approach. Aminoglycoside modifying enzyme genes and 16S rRNA rnethylase genes were further analyzed, and comparative genomics analysis was performed with other Gram negative bacteria. Results A complete genome （chromosome） sequence and two plasmid sequences were obtained in JM45. The size of chromosome was 5 273 812 bp （GC content： 65. 8%）, the size of plasmid 1 was 317 156 bp （GC content： 53.0%）, and that of plasmid 2 was 12 209 bp （GC content： 55. 3%）. Aminoglycoside adenosine transferase gene （aadA2, Feature ID： KPN_5186） and 16S rRNA methylase genes （rmtB, Feature ID： KPN_5243） were positive in plasmid 1. According to whole genome sequencing, aadA2 located in the integron and the order was int/A-dfrA 12 aadA 2 orf3/qacE; rmtB located in the transposon and the order was tnpA-TEM-1-rmtB. Conclusion aadA2 and rmtB play a key role in aminoglycoside resistance in JM45.

关 键 词：克雷伯菌 肺炎 抗药性 多药 序列分析 基因组学 氨基糖苷类 

分 类 号：R446.5[医药卫生—诊断学]