类群特异性PCR引物设计与评估  

Design and evaluation of group-targeted PCR primers

作　　者：董声[1,2] 俞志明[1] 宋秀贤[1] 韩笑天[1] 曹西华[1] 

机构地区：[1]中国科学院海洋研究所 海洋生态与环境科学重点实验室,山东青岛266071 [2]中国科学院大学,北京100049

出　　处：《生物信息学》2013年第2期79-85,共7页Chinese Journal of Bioinformatics

基　　金：国家基金委创新研究群体(项目批准号:41121064);国家973项目(项目批准号:2010CB428706);国家自然科学基金(项目批准号:41276115)

摘　　要：本文以真核藻类18SrDNA类群特异性PCR引物的设计与评估为例,详细介绍了如何利用Primrose等一系列程序设计类群特异性PCR引物并评估其敏感性与特异性,并对这一方法的优势与应用类群特异性PCR引物进行群落多样性分析需要注意的问题进行了讨论。We take the design and evaluation of eukaryotie algae-targeted 18S rDNA PCR primers as an example, to give a step-by-step illustration of how to design and assess group-targeted PCR primers using Primrose and other programs. Then we summarize the advantages of the design ＆ evaluation pipeline by comparing the amplification ef- ficiency of newly designed and previously reported 18S rDNA universal primers. Cautions are also emphasized on u- sing PCR-based strategies to assess community diversity.

关 键 词：类群特异性PCR引物 真核藻类 Primrose 18S rDNA通用引物 

分 类 号：Q518.2[生物学—生物化学]