基于Mimox工具分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位  

Mimotope analysis of the Lpp20 protein from Helicobacter pylori using the Mimox program

作　　者：李妍[1] 温月媚[1] 曾爽[1] 陈中标[1] 陈艳[1] 宁云山[1] 

机构地区：[1]南方医科大学生物技术学院生物治疗研究所,广州510515

出　　处：《免疫学杂志》2013年第11期988-991,996,共5页Immunological Journal

基　　金：国家自然科学基金(31070119);广东省自然科学基金(S2011010006070);国家创业训练项目(201212121100);广东省大学生创新项目(1212111040)

摘　　要：目的利用Mimox软件分析幽门螺杆菌Lpp20蛋白模拟表位的性质。方法将源于噬菌体随机肽库筛选技术获得的6个Lpp20模拟表位输入Mimox网站,参数设为默认值,进行模拟表位的比对,寻找其共同序列并分析其性质。结果从ClustalW界面比对结果看,氨基酸D、A、S、G、L在模拟表位中出现的频率较高。通过统计学的方法推导出的共同序列为-[-W][PST][LDE]H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-,第2位置氨基酸W(50%),第7位置氨基酸D(67%),第8位置氨基酸A(50%),第9位置氨基酸S(50%),第12位置氨基酸L(50%)的出现频率较高。通过JalView界面推导出的共同序列为-WPLHSDASG-LYR-,保守性上第6位置S(分值6)、第7位置D(分值5)、第12位置L(分值5)比较高;特异性上第6位置S(分值2.067 059)、第12位置L(分值2.529 612)、第10位置G(分值1.805 491 4)、第3位置P(分值1.761 471 6)比较高;共同性上第7位置D(66%)、第8位置A(50%)、第9位置S(50%)、第10位置G(66%)比较高。结论结合噬菌体筛选技术和生物信息学Mimox工具对抗原模拟表位进行分析并获得较全面的表位信息,为进一步确定抗原表位及研制新型表位疫苗奠定基础。To analyze the characteristics of the Lpp20 mimotopes from Helicobacter pylori, five mimotopes derived from phage display library were input at the Mimox web server （http：//immunet.cn/mimox/） and aligned with all parameters as defaults. The interface ClustalW aligned the set of mimotopes and the appearance frequency of amino acids D, A, S, G, and L was higher. The statistical method deduced the consensus sequence -[-W][PST][LDE] H[SDE][DM]ASG-[LT][YFW][-R]-, in which the appearance frequency of amino acids W at the 2na site （50%）, D at the 72 site （67%）, A at the 82 site （50%）, S at the 92 （50%）, L at the 202 site （50%） was higher. The interface JalView deduced the consensus sequence -WPLHSDASG-LYR-, in which the conservation of amino acid S at the 62 site （value 6）, D at the 72 （value 5）, L at the 20th site （value 5） was higher, while the quality of amino acid S at the 62 site T （value 2.067 059）, L at the 12th site （value 2.529 612）, G at the 102 site （value 1.805 491 4）, P at the 3nd site was higher, the consensus of amino acid D at the 7th site （66%）, A at the th （50%）, S at the 92 site （50%）, G at the 102 site （66%） was higher. In conclusion, combination of phage display library and Mimox prediction may help to analyze characteristics of antigenic minotopes and obtain comprehensive epitope information, which establishes a foundation for further identifying antigenic epitope and developing novel epitope vaccine.

关 键 词：Mimox软件 模拟肽 幽门螺杆菌 LPP20 

分 类 号：R392[医药卫生—免疫学]