棒花鱼(鲤形目,鲤科)全线粒体基因组测定与分析  

THE COMPLETE NUCLEOTIDE SEQUENCE OF MITOCHONDRIAL GENOME OF ABBOTTINA RIVULARIS (CYPRINIFORMES,CYPRINIDAE)

作　　者：贺怀亚[1] 王佳[1] 尤平[1] 

机构地区：[1]陕西师范大学生命科学学院,西安710062

出　　处：《动物分类学报》2013年第4期695-704,共10页Acta Zootaxonomica Sinica

基　　金：中央高校基本科研业务费专项资金(GK201002044);国家自然科学基金项目(31372158)资助~~

摘　　要：采用长聚合酶链式反应（L-PCR），以L-PCR扩增产物为模板，用30对短PCR引物进行2次PCR（Sub—PCR）扩增，测定并注释了棒花鱼全线粒体基因组。结果表明：棒花鱼线粒体基因组全长16597bp，A＋T含量55．7％，基因组成及排列顺序与其它硬骨鱼类一致，包括13个蛋白质编码基因，22个tR-NA基因，2个rRNA基因和1个控制区（D-100p）。L链编码1个蛋白质编码基因（ND6）和8个tRNA基因（tRNA—Gin，tRNA·Ala，tRNA-Cys．tRNA-Asn，tRNA．Tyr，tRNA-Ser，tRNA-Glu，tRNA-Pro），其余基因由H链编码。棒花鱼线粒体基因排列紧密，基因间隔12处60bp，间隔长度1—31bp不等；基因重叠区7处24bp，重叠区碱基覆盖数在1—7bp之间。13个蛋白质编码基因中，除COI的起始密码子为GTG外，其余均为ATG；8个蛋白质编码基因的3’端为完全终止密码子TAG（NDl、ND2、ND6）和n认（CoI、ATP8、ATP6、ND4L、ND5），其余5个基因均为不完全终止密码子TA（ND3、ND4）和T（COⅡ、COⅢ、Cyb）。除tRNA-Ser（AGY）基因外，其余21个tRNA基因二级结构均为典型的三叶草型。控制区（D．100p）位于tRNA-Pro和tRNA—Phe基因之间，长928bp，控制区有3个结构区：终止序列区（TASs），中央保守区（GSBs）和保守序列区（CSB-1、CSB·2、CSB-3）。The complete mitochondrial genome （ mitogenome ） sequences of dbbotlina rivularis （Basilewsky, 1855） was determined in this study. The entire mitogenome was amplified by long polymerase chain reaction （L-PGR）, and the products were used as template for sub-amplified （Sub-PGR） with 30 sets primers. The size of mitogenome of A. rfvularis was 16 597 bp, A ＋ T mitogenome contained 13 protein coding genes （ PCGs ）, 22 transfer RNA （ tRNA ） genes, 2 ribosome RNA （rRNA） genes and a non- coding region （D-loop）. Most of genes were encoding on the H-strand with exception of a PCG （ ND6 ） and eight t_R.NA genes （tRNA-Gha, t_RNA-Ala, tRNA- Gys, tRNA-Asn, tRNA-Tyr, tRNA-Ser, tRNA-Glu, tRNA-Pro）. Genes were closely assembled one after another, 60 bp in 12 intergenic spacers, ranging from 1to 31 bp in size and 24 bp in 7 genes overlap, the nucleofides ranging from 1 to 7 bp in length. All PCGs start with ATG codon, except for CO I with GTG. For terminate codon usage, eight genes with complete terminate codon TAG （ND1, ND2, ND6） and TAA （CO I, ATPS, ATP6, ND4L, ND5 ）, others with incomplete terminate codon TA （ ND3, ND4 ） and T （CO II, CO llI, Cy b ）. All tRNAs had a typical cloverleaf structure, except for tRNA-Ser （AGY） which had an absence of the DHU arm. The major control region （D-loop） was determined to be 928 bp, which located between tRNA-Pro and tRNA-Phe that had 3 domains： termination associated sequences （ TASs ）, central conservative blocks （ CSBs ） and conservation sequence blocks （ CSB1 - 3 ）.

关 键 词：棒花鱼 线粒体基因组 长PCR 鲤科 

分 类 号：Q953[生物学—动物学]