布莱凯特黑牛PDSS1基因的克隆测序及生物信息学分析  

作　　者：杨莉[1,2] 董雅娟[1,2,3] 柏学进[1,2,3] 赵仕全[1,2] 牛召珊[1,2] 张新浩[1,2] 

机构地区：[1]青岛农业大学动物胚胎工程中心,山东青岛266109 [2]山东省黑牛繁育工程技术研究中心,山东青岛266109 [3]山东布莱凯特黑牛科技股份有限公司,山东淄博256306

出　　处：《中国畜牧杂志》2013年第21期14-18,共5页Chinese Journal of Animal Science

基　　金：国家科技支撑计划(2012BAD39B05);山东省自主创新成果转化重大专项(2011ZHZX1A0406)

摘　　要：对布莱凯特黑牛PDSS1基因cDNA进行克隆测序,为进一步研究PDSS1基因与布莱凯特黑牛胴体内CoQ10含量、肉质性状等的相关性提供理论基础。针对Ensembl公布的牛(参照)PDSS1基因中11个外显子,设计9对引物,对布莱凯特黑牛基因组DNA进行PCR扩增、克隆测序;利用软件Lasergene 7.0拼接出PDSS1基因cDNA,提交至GenBank并进行生物信息学分析。结果表明:布莱凯特黑牛PDSS1基因cDNA全长1 574 bp,包括一个长1 257 bp的完整开放阅读框,编码418个氨基酸。PDSS1蛋白含5个跨膜区,信号肽由26个氨基酸组成,成熟肽由392个氨基酸组成。布莱凯特黑牛与牛(参照)、海福特牛、马、猪、犬、小鼠、黑猩猩、人在编码区核酸序列同源性依次为99.9%、99.8%、89.0%、83.1%、88.6%、81.1%、80.8%、80.9%;推导氨基酸序列的同源性依次为100%、99.8%、92.0%、81.8%、91.6%、79.0%、80.4%、80.7%。本试验成功克隆了布莱凯特黑牛PDSS1基因cDNA,并提交至GenBank(登录号:KC787698)。布莱凯特黑牛与牛(参照)、海福特牛在PDSS1基因编码区的同源性极高,聚为一类;与马、犬、猪、小鼠、人、黑猩猩等物种的同源性相对低些。

关 键 词：CoQ10 PDSS1 克隆测序 生物信息学 布莱凯特黑牛 

分 类 号：S823.2[农业科学—畜牧学]