人类管家基因和非管家基因microRNA绑定密度的比较及与3′UTR进化保守性关系的分析  

Relationship between the density difference of microRNA binding and the evolutionary conservation of 3'UTRs in housekeeping and non-housekeeping human genes

作　　者：刘哲言 卢一鸣[2] 屈武斌[2] 张成岗[1,3] 

机构地区：[1]安徽医科大学,合肥230032 [2]军事医学科学院放射与辐射医学研究所,蛋白质组学国家重点实验室,全军军事认知与心理卫生研究中心,北京100850 [3]军事医学科学院放射与辐射医学研究,所蛋白质组学国家重点实验室,全军军事认知与心理卫生研究中心,北京100850

出　　处：《军事医学》2013年第11期808-813,共6页Military Medical Sciences

基　　金：国家自然科学基金资助项目(30900830,81172770);国家重点基础研究发展计划资助项目(2012CB518200);蛋白质组学国家重点实验室自主研究课题资助项目(SKLP-K201004)

摘　　要：目的该研究从整体水平比较microRNA(miRNA)对管家基因和非管家基因的调控差异并研究3'UTR的进化保守性与miRNA对两类基因调控差异之间的相关性。方法通过对3个基于序列的miRNA靶基因预测软件整合分析,并结合基于miRNA-靶基因的表达谱数据相关性分析,以获得miRNA对两类基因的调控情况,同时利用phastCons保守性分值对两类基因的3'UTR区域进行多物种进化分析。结果研究发现miRNA在管家基因的3'UTR上有显著地高密度绑定,管家基因的3'UTR区域具有相对较高的序列保守性。结论该研究结果突出了miRNA对管家基因表达调控的重要作用,对于重新理解miRNA对真核生物基因表达调控作用具有一定的参考价值。Objective To study the microRNA （ miRNA） regulation on the expression of housekeeping and non-house-keeping human genes from the systemic level , and to reveal the influence of conservation at 3′UTRs region for the density difference of miRNA regulatory between the two classes of genes .Methods We obtained miRNA regulation informations for the two classes of genes through the integration analysis of three sequence-based target gene prediction softwares and the conjoint analysis based on gene expression profile data .We also used phastCons-score based evolution analysis to study the conservation of 3′UTRs regions between the two classes of genes .Results Our results showed that housekeeping genes have a significantly higher density of miRNA binding sites and their 3′UTR are relatively conservative .Conclusion These findings highlight the importance of miRNA regulation in housekeeping genes , suggesting that investigating the roles of miR-NAs on the robustness of housekeeping genes expression is highly necessary .

关 键 词：管家基因 非管家基因 MICRORNA 基于序列的预测 表达谱数据 进化分析 

分 类 号：Q987[生物学—遗传学]