基于建模的功能非编码RNA保守结构查询  

A modeling-based method for searching conserved structure of functional noncoding RNA

作　　者：罗海琼[1] 周嘉[2] 蓝朝旺 陈庆锋[3] 

机构地区：[1]广西医科大学公共卫生学院,广西南宁530021 [2]广西医科大学第一附属医院,广西南宁530021 [3]广西大学计算机与电子信息学学院,广西南宁530004

出　　处：《广西大学学报（自然科学版）》2013年第6期1431-1435,共5页Journal of Guangxi University（Natural Science Edition）

基　　金：广西自然科学基金重点项目(019029);广西自然科学基金留学回国人员重点项目(053006)

摘　　要：许多研究已经证明了多种ncRNA的存在,并且有些非编码RNA可能在遗传系统中起着多种催化和调控作用。为了识别的ncRNA的结构—功能关系,运用一组距离约束的新方法对要预测的RNA二级结构进行建模。此外,还采用了一种过滤模式用以识别查询的二级结构的匹配模型。研究结果表明:基于距离约束的方法可以降低预测RNA二级结构的时间复杂度;而过滤模式可以过滤掉很多数据库中不相似的RNA模型。实验结果证明基于距离约束的方法在预测ncRNA结构中更具有应用价值。Studies show the presence of varied ncRNAs and some of these ncRNAs may have effect on catalytic and regulatory function in the genetic system. In order to identify the structure-function relationship, a novel approach, based on a set of distance constraints, is applied to model the pre- dicted RNA secondary structures. Further, a filtering schema is presented to identify matched models for the queried secondary structures. The result suggests that the distance-based method can reduce the time complexity of predicting the RNA secondary structure, and the filtering schema decreases many irrelevant RNA model in database. The experimental result shows that the distance-based meth- od has more application value in predicting the ncRNA structure.

关 键 词：距离 模型 非编码RNA 二级结构 

分 类 号：TP399[自动化与计算机技术—计算机应用技术]