基于文献挖掘的蛋白质相互作用信息数据库设计及实现  

Literature mining-based protein-protein interaction information database:design and implementation

作　　者：李满生[1] 马洁[1] 杨春媛[1] 朱云平[1] 

机构地区：[1]北京放射与辐射医学研究所,蛋白质组学国家重点实验室,北京蛋白质组研究中心,北京102206

出　　处：《军事医学》2013年第12期922-927,共6页Military Medical Sciences

基　　金：国家重点基础研究发展计划(973)资助项目(2011CB910601;2010CB912700);国家高技术研究发展计划(863)资助项目(2012AA020201;2012AA020409);国家自然科学基金资助项目(21275160)

摘　　要：目的针对目前数据库在提供组织、存储和展示文献来源的蛋白质相互作用知识和数据支撑方面的不足,设计并构建了蛋白质相互作用信息数据库系统(protein-protein interaction information database,dbPPII)。方法根据文献来源的蛋白质相互作用数据的特点,使用MySQL设计包含蛋白质相互作用、文献及本体三方面信息的数据库结构,引入本体工具展示数据,并使用JSP等技术开发实现。结果数据库系统实现了基于本体的信息组织和展示,提供多种数据查询方式及丰富的文献信息,并具有数据下载功能。目前,dbPPII系统已经应用于组织、存储和展示人及小鼠肝脏相关文献挖掘得到的蛋白质相互作用信息。结论 dbPPII系统具有存储和检索文献来源的蛋白质相互作用信息的多种优势,并有效地利用了蛋白质相互作用本体信息框架组织和展示蛋白质相互作用数据。dbPPII访问主页:http://ppii.hupo.org.cn。Objective To design and construct a protein-protein interaction information database （dbPPll） in order to improve the organization, storage and display of important literature. Methods According to the characters of literature- derived PPIs and their annotation, the database structure which included the information of PPIs, literature and ontology was designed using MySQL. The ontology tool was used to display PPI data and JSP technology was employed to implement the database system. Results dbPPll was able to organize and display PPI information based on the novel PPI information scheme （PPI ontology PPIO）. It provided multiple query methods and enriched literature information of PPIs to facilitate research, dbPPl! was now applied to store and display the PPI information extracted from human and mouse liver related literature. Conclusion dbPPll has many advantages in storing and querying literature-derived PPI information and also successfully uses the PPIO to organize and display PPI data. dbPPH is accessible at： http：//ppii, hupo. org. cn.

关 键 词：蛋白质相互作用 文献挖掘 蛋白质相互作用注释信息 蛋白质相互作用本体 

分 类 号：Q811.4[生物学—生物工程]