小鼠乳腺发育的转录组学研究--怀孕哺乳周期乳腺的关键调控基因  

作　　者：周媛媛[1,2] 龚未[1,2] 肖景发[1,2] 吴佳妍[1,2] 潘林林[1,2] 李小暖 王绪敏[1,2] 王伟伟[1,3] 胡松年[1,2] 于军[1,2] 

机构地区：[1]中国科学院北京基因组研究所中国科学院基因组学与信息重点实验室基因组与精准医学检测技术北京市重点实验室,北京100101 [2]中国科学院大学,北京100049 [3]Division of Gastroenterology, Department of Medicine, University of Alberta, Edmonton, Alberta T6G 2V2, Canada

出　　处：《中国科学：生命科学》2014年第3期291-306,共16页Scientia Sinica(Vitae)

基　　金：国家重点基础研究发展计划(批准号:2011CB944100,2011CB944101)资助项目

摘　　要：乳腺是哺乳动物特有的器官,90%的发育过程集中在出生之后.此外,在生殖过程中乳腺发育会经历怀孕、哺乳和退化3个阶段(称为怀孕哺乳周期).为了在转录组水平上更好地了解乳腺发育的机制,利用核糖体RNA去除法构建了小鼠乳腺3个时期(怀孕12天、哺乳14天和退化7天)的总RNA文库,每个文库产出的数据量均大于5×107条reads.3个文库分别得到17344,10160和13739个蛋白编码基因以及1803,828和1288个ncRNAs.其中,从怀孕期到哺乳期有4843个差异表达基因(包括749个上调表达的基因和4094个下调表达的基因);从哺乳期到退化期共有4926个差异表达基因(包括4706个上调表达和220个下调表达的基因).此外,还观察到与溶酶体酶相关的基因在哺乳期乳腺中有较高的表达.通过对转录因子及ncRNAs的分析,还得到一些可能在乳腺发育的不同时期有重要调控作用的调控因子基因(如转录因子基因Trps1,Gtf2i,Tcf7l2,Nupr1,Vdr,Rb1和Aebp1;miRNA基因mir-125b,Let-7,mir-146a和mir-15等).

关 键 词：小鼠乳腺 乳腺发育 转录组 rmRNA—seq MIRNAS 转录因子 

分 类 号：Q75[生物学—分子生物学]