狗牙根EST-SSR反应体系优化及其遗传多样性初步分析  

Preliminary Analysis on Optimization of EST-SSR PCR Reaction System and Genetic Diversity for Cynodon dactylon L.

作　　者：帕提古丽·麦麦提敏 张延辉[1] 李培英[1] 阿不来提[1] 

机构地区：[1]新疆草地资源与生态自治区重点实验室,新疆农业大学草业与环境科学学院,乌鲁木齐830052

出　　处：《新疆农业大学学报》2014年第2期112-118,共7页Journal of Xinjiang Agricultural University

基　　金：国家自然科学基金项目(31160483);新疆维吾尔自治区高技术项目(20111112);新疆农业大学国家重点学科项目(XJCYB-2011-05);新疆维吾尔自治区重点实验室项目(XJDX0209-2013-02)

摘　　要：利用 L16（4）5正交实验设计,对新疆狗牙根 EST-SSR反应体系进行优化；并将该体系初步应用于14份新疆典型区域的野生狗牙根材料,通过聚类分析研究供试材料的亲缘关系.结果表明,新疆狗牙根 EST-SSR反应最优体系为：20μL反应体系中含模板DNA 100 ng,引物0.5μmol/L,2μL 10×Buffer,MgCl21.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq DNA聚合酶0.5 U.运用该体系对14份新疆狗牙根材料进行PCR扩增,条带较清晰,可用于新疆狗牙根 EST-SSR标记的进一步研究.对14份狗牙根的多样性及其亲缘关系分析结果表明,狗牙根 Nei’s 基因多样性指数（H）变异范围为0.2077~0.3153,平均为0.2550；Shannon信息指数（I）在0.2540~0.4394.The best optimized system from Xinjiang Cynodon dactylon L.were as follows：There were template DNA 100 ng,0.5 μmol/L of each primer,2 μL of 10 × Buffer,MgCl2 1.5 mmol/L,dNTPs 0.2 mmol/L,Taq DNA polymerase 0.5 U in 20μL reaction system.The 14 portions of Xinjiang Cynodon dactylon L.were amplified by use of the system,the bands were clearer,which can be used in studying Xin-jiang Cynodondactylon L.EST-SSR marker.The diversity and phylogenetic relationships of 14 portions of Cynodon dactylon L.were analyzed.The results showed that the variance range of diversity indexes （H）of Cynodon dactylon L.Nei’s were as follows：0.2077-0.3153,the average was 0.2550,the information index （I）was 0.2540 to 0.4394.

关 键 词：狗牙根 体系优化 多样性 CYNODON dactylon L 

分 类 号：S688.4[农业科学—观赏园艺]