苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码编制  

Digital barcodes development based on single nuclotide polymorphisms to identify individual Suzhong swine

作　　者：胡肄农[1] 丁潜[2,3] 纪红军[2,3] 王晓晓[3] 朱振坤[3,4] 赵庆顺[3] 邢光东[2] 

机构地区：[1]江苏省农业科学院兽医研究所/农业部兽用生物制品工程技术重点实验室/国家兽用生物制品工程技术研究中心,江苏南京210014 [2]江苏省农业科学院畜牧研究所,江苏南京210014 [3]南京大学模式动物研究所,江苏南京210061 [4]南通大学公共卫生学院,江苏南通226001

出　　处：《江苏农业学报》2014年第4期779-783,共5页Jiangsu Journal of Agricultural Sciences

基　　金：江苏省农业科技自主创新基金项目[CX(12)3089]

摘　　要：苏钟猪是江苏省农业科学院利用太湖猪为母本,长白猪为父本育成的品种。为苏钟猪个体身份识别及猪肉产品溯源之需,对苏钟猪个体身份SNP识别进行研究。本研究共设计29对引物,并从中筛选7对引物用于苏钟猪的个体身份识别。7对引物扩增产物能直接测序且测序图谱背景干净,序列阅读无歧义。7对引物共扩增52个SNP位点,经关联性分析及杂合度过滤(H≥0.1)后,选留41个SNP位点用于苏钟猪个体身份识别的数字条形码编制;同时,编制了7头公猪和12头母猪所生的96头苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码,数字条形码很好地区分了96头苏钟猪的个体身份。根据96头苏钟猪条形码编制时分离到的各引物对扩增片段的基因型数,7对引物扩增的41个SNP位点,理论上可用于近5.00×106头猪的个体身份识别。因此,本研究建立的苏钟猪个体身份SNP识别的数字条形码编制方法,可用于规模猪场苏钟猪的个体身份识别及肉产品溯源。Suzhong swine is a hybrid breed derived from Taihu sows and Landrace boars. To identify individual Suzhong swine and trace the source of pork product, 52 single nucleotide polymorphisms （ SNP） were developed in the Suzhong swine genomic DNA fragments using 7 pairs of primers out of 29. Among the SNPs, 41 with heterozygosities more than 0. 1 were selected for Suzhong pigs swine genotyping. By converting the genetic loci with sequences of AA, TT, GG, CC, AT, AG, AC, TG, TC, and GC into digital number of 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, and 9, respective-ly, 96 digital barcodes, unique for each individual pig＆amp;nbsp;produced, were generated for 96 Suzhong swine derived from 7 boars and 12 sows. Theoretically, the barcodes based on 41 SNPs amplified by the 7 primer pairs can be used for distinguishing about 5 000 000 individual pigs.

关 键 词：苏钟猪 个体身份识别 数字条形码 单核苷酸多态性 

分 类 号：S828.89[农业科学—畜牧学]