DNA序列分析系统的开发应用  

作　　者：李晓艳[1] 张玉冰[1] 

机构地区：[1]河南师范大学计算机与信息工程学院,河南新乡453007

出　　处：《电脑知识与技术》2014年第8期5220-5222,共3页Computer Knowledge and Technology

摘　　要：20世纪90年代,人类基因组计划的启动,有力推动了DNA测序工作的发展。寻找某些特征片段（功能片段）在序列中的分布规律,对遗传学、生物信息学等都有重要的应用意义。在教学、研究中发现,应用数学分析软件MATLAB的字符串处理功能,可以容易地达到功能片段分析的目的,本系统通过分析DNA序列链之间的关联程度,构造出特征矩阵,根据模糊C均值算法较准确的对DNA序列的集合进行了分类,同时利用matlab的图像显示功能将聚类的最终结果清楚明了的显示在图像中,使用户能清楚的看到聚类效果。本系统主要研究了DNA链碱基序列分析、多个DNA链特征矩阵提取、模糊C均值聚类算法分类DNA等三大部分。首先该系统对DNA序列的总长度和功能序列的长度进行了测量,利用一维数组确定功能片段在DNA序列中的位置特征,从而完成了对DNA碱基序列的分析;其次该系统对用户给出的数个DNA链进行序列之间的特征分析,统计出每个序列的（A,T,C,G）碱基密度,得到一个特征矩阵,有效的为模糊聚类分析方法提供数据来源。最终该系统应用模糊C均值聚类算法,利用特征矩阵的数值,将数个DNA序列聚类并分为两类。

关 键 词：模糊C均值 特征片段 系统开发 

分 类 号：TP311[自动化与计算机技术—计算机软件与理论;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]