梾木属SRAP-PCR反应体系的优化及引物筛选  

Optimization of SRAP-PCR Amplification System and Selection of Primers for Swida

作　　者：张良波[1,2,3] 王解香 李培旺[2,3] 陈景震[2,3] 顾佳宁 李昌珠[2,3] 康向阳[1] 

机构地区：[1]北京林业大学,北京100083 [2]湖南省林业科学院,长沙410004 [3]湖南生物柴油工程技术研究中心,长沙410004

出　　处：《分子植物育种》2014年第5期1005-1010,共6页Molecular Plant Breeding

基　　金：国家科技支撑课题(2011BAD22B08);林业公益项目(201004071);长沙市科技项目(K1201024-21)共同资助

摘　　要：本研究利用Me2Em4正反向引物组合对影响梾木属SRAP-PCR反应体系的Mg2+、Taq聚合酶、dNTP和引物浓度4个因素进行L9(34)正交试验,采用正交设计直观分析及方差分析对影响SRAP反应的4个因素进行分析,并对模板DNA浓度进行了单因素试验分析。结果表明,梾木属SRAP-PCR 20μL反应体系的最佳组合为:Taq聚合酶2.0 U、Mg2+浓度1.5 mmol/L、dNTP浓度0.15 mmol/L、Primer浓度0.30 mmol/L、模板DNA浓度5.5 mg/L以及含有2μL不含Mg2+的10倍稀释缓冲液。各因素对梾木SRAP-PCR反应的影响大小依次为:dNTP、Taq聚合酶、Mg2+和Primer。最后运用优化体系从100对SRAP引物组合中筛选出26个多态性SRAP标记,可用于梾木属不同种间亲缘关系、系统进化和遗传多样性等方面的研究。The effect of factors, i.e. Mg2＋, Taq DNA polymerase, dNTP and primer, on SRAP-PCR reaction system of Swida was studied using the positive and negative combination of Me2 and Em4 by a L9（34） orthogonal design method. Orthogonal design-direct analysis and variance analysis were applied to experiment results. Optimum conditions for the reaction system were found at the Mg2＋ concentration （1.5 mmol/L）, dNTP concen- tration （0.15 mmol/L）, primer concentration （0.30 mmol/L）, DNA concentration （5.5 mg/L） and 2 μL 10 times diluted Buffer solution without Mg2＋. The effect of variables above on the reaction system decreased in the following order： dNTP 〉Taq DNA polymerase 〉 Mg2＋〉primer. By using this optimal system, twenty-six highly polymorphic pairs were selected from one hundred SRAP pairs, which can be used to study genetic relationships, systematic evolution and genetic diversity of Swida.

关 键 词：梾木属 SRAP 正交设计 反应体系 引物筛选 

分 类 号：S792[农业科学—林木遗传育种]