新疆地区HIV-1/HCV合并感染者HCV 5′UTR基因的遗传进化分析  

Genetic dynamics of HCV 5′UTR gene in HIV-1/HCV co-infected patients in Xinjiang,China

作　　者：周素娟[1] 古海尔.肉孜[2] 沈勤丰 吾不力艾山.哈斯木 达吾提江.麦麦提 符俐萍[2] 倪明健[2] 李凡[2] 帕尔哈提.亚迪卡尔 阿布力孜.肉孜 高眉扬[1] 何纳[1] 

机构地区：[1]复旦大学公共卫生学院暨公共卫生安全教育部重点实验室,上海200032 [2]新疆维吾尔自治区疾病预防控制中心,新疆乌鲁木齐830002 [3]和田地区疾病预防控制中心,新疆和田848000 [4]新疆睿智整形外科专科医院,新疆乌鲁木齐830001 [5]库车县齐满镇卫生院,新疆库车842000

出　　处：《中国病毒病杂志》2015年第1期17-21,共5页Chinese Journal of Viral Diseases

基　　金：国家自然科学基金(81373062);乌鲁木齐市科学技术计划项目(Y121320017)

摘　　要：目的分析新疆地区人类免疫缺陷病毒1型（human immunodeficiency virus type 1,HIV-1）/丙型肝炎病毒（hepatitis C virus,HCV）混合感染者体内HCV各基因型在6个月时间间隔前后基因变化规律,为针对HCV制定预防治疗策略和后续的研究提供基础。方法对新疆地区2013年4月确认为HIV-1抗体阳性的102例感染者进行HCV抗体检测,HCV抗体阳性的研究对象在6个月后（2013年10月）进行第二次采血。对HCV抗体阳性的2次标本抽提血浆病毒RNA,反转录后扩增HCV 5′UTR基因,将所得到的序列与HCV的国际标准株进行比较,确定被检样本的HCV基因型。基于2次采样毒株的序列变异,使用MEGA 6软件计算其基因离散率,使用Beast v1.8.0软件分析起源时间和进化速率。结果 102例HIV-1感染者中有89例（87.25%）HCV抗体阳性,其中成功扩增出HCV 5′UTR基因2次序列的有77例（77/89,86.52%）。HCV 5′UTR基因片段分型结果显示有4种基因型：1a（9/77,11.69%）,1b（31/77,40.26%）,3a（24/77,31.17%）,3b（13/77,16.88%）。HCV的1b基因型6个月后样本的组内基因离散率（0.025±0.007）%明显大于首次采样的（0.001±0.001）%,其他3种基因型的基因离散率在6个月后无明显变化。HCV的5′UTR基因平均进化速率为1.62×10^-3（95%HPD 1.52×10-3～5.38×10^-3）替换/（位点·年）,各基因亚型之间的进化速率相差1～3倍,3a亚型祖先株形成时间最为久远。结论新疆地区HIV-1感染者中静脉吸毒人群合并HCV感染率高,HCV的3种基因型（1a、3b、3a）在HIV-1感染者体内稳定存在,总体变异不大,但1b基因型随着时间的推移相对比较活跃。Objective tients. Methods To investigate the genetic dynamics of HCV 5＇UTR gene in HIV-1/HCV co infected pa HCV antibody was tested in a total of 102 HIV-1 infected patients in Xinjiang, Chi na. HCV RNA was extracted at two time points, April 2013 （T1） and October 2013 （T2） for HCV antibody positive samples. HCV 5＇UTR gene was amplified using RT-PCR and was further subject to gene distance and phylogenetic analysis, tMRCA （time to the most recent common ancestor） and evolutionary rate were esti- mated by using software BEAST （Bayesian Evolutionary Analysis by Sampling Trees）. Results A total of 89 HCV antibody positive samples were detected in 102 HIV-1 infected patients （87.25%） and of them, 77 samples with two PCR amplified products were submitted for sequencing and genotyping analysis. Four HCV genotypes la （9/77, 11.69%）, lb （31/77, 40.26%）, 3a （24/77, 31.17%） and 3b （13/77, 16.88%） were identified. The genetic distances of genotype lb was higher at T2 time point than that at T1 time point. The estimated HCV evolutionary rate is 1.62 × 10^-3 （95% highest-posterior-density [HPD] 1.52 × 10 ^-3 —5.38 × 10^-3 ） substitutions per site per year. Evolutionary rate of different genotypes showed 1-3 fold difference, tMRCA （the time to the most recent common ancestor） of 3a subtype dated older than the other three genotypes. Conclusions The prevalence of HIV 1/HCV co-infection among the injection drug users in Xin- jiang of China was high. The 5＇UTR gene of three HCV genotypes （1a, 3b and 3a） remained stable. However, the genome of lb subtype was relatively active over time in HIV-1 infected patients in Xinjiang of China.

关 键 词：人类免疫缺陷病毒1型感染者 丙型肝炎病毒 5’UTR 基因离散率 进化速率 

分 类 号：R512.91[医药卫生—内科学] R512.63[医药卫生—临床医学]