两序列比对算法与软件研究进展  

RESEARCH PROGRESS IN PAIRWISE SEQUENCE ALIGNMENT ALGORITHMS AND THEIR SOFTWARE

作　　者：焦雅 高静[1] 张文广[2] 

机构地区：[1]内蒙古农业大学计算机与信息工程学院,内蒙古呼和浩特010018 [2]内蒙古农业大学动物科学学院,内蒙古呼和浩特010018

出　　处：《计算机应用与软件》2015年第6期5-8,13,共5页Computer Applications and Software

基　　金：国家核高基项目(2010ZX01036-001-001);内蒙古自然科学基金项目(2010BS0902);教育部"春晖计划"项目(Z2009-1-01062);内蒙古自治区科技计划项目"云计算系统安全可靠性的测评技术研究及测试平台构建"

摘　　要：两序列比对是一种基本序列分析方法,广泛用于序列之间的相似性分析和数据库同源性搜索。现今,用于两序列的软件有上百种,它们应用不同的算法或针对不同的序列类型,在比对速度和比对质量等方面也有很大的差异。根据要比对的序列情况以及要达到的目的选择合适的比对软件是非常有必要的。对现有两序列比对的算法和常用软件进行归类和比较,为研究人员了解现今序列比对情况,筛选合适的比对算法和软件提供参考。Pairwise sequence alignment is a fundamental sequence analysis method,and is widely used for similarity analysis among se-quences and homologue search in database.So far,there are more than one hundred software produced for pairwise sequence alignment.They adopts different algorithms or targets at different types of sequence.What’s more,they have great diversity in running speed and the quality of alignment result.It is essential to choose the proper software according to the situation of the sequence to be aligned and the goal to achieve. In this paper,we classify and compare the algorithms and commonly used software applied to pairwise sequence alignment.The paper can be a reference for researchers to understand the current conditions about sequence alignment and to pick appropriate algorithm and software.

关 键 词：序列比对 两序列比对算法 两序列比对软件 生物信息学 

分 类 号：TP3[自动化与计算机技术—计算机科学与技术]