甘油磷酸二酯酶家族蛋白的分子进化  

Molecular Evolution of the Glycerophosphodiesterase Family Proteins

作　　者：孙兰茜 常平安[1] 曾鑫[1] 韩丽萍[1] 冉凤 王超颖[1] 王玲[1] 黄飞飞[1] 

机构地区：[1]重庆邮电大学生物信息学院,重庆400065

出　　处：《基因组学与应用生物学》2015年第1期172-178,共7页Genomics and Applied Biology

基　　金：重庆市基础与前沿研究项目(cstc2013jcyjA 10005;cstc2014jcyjA 10033);重庆市教委科技项目(KJ1400424);重庆市大学生创新创业训练计划项目(201410617012)共同资助

摘　　要：甘油磷酸二酯酶(glycerophosphodiesterrase,GDE)是原核和真核生物中高度保守的一类酶,然而不同物种存在不同数量的蛋白成员。本文以8种模式生物的甘油磷酸二酯酶家族蛋白为基础,通过邻接法构建该家族的进化树,以了解GDE家族成员的进化关系。采用多序列比对、RNA剪接位点(外显子/内含子)分析以及跨膜结构域预测对所建树进行信息挖掘。通过上述方法,提出并初步验证了GDE家族分为3个亚族的观点,即第一亚族为GDE5,第二亚族包括GDE4和GDE7,第三亚族含有GDE1、GDE2、GDE3、GDE6四个成员。The glycerolphosphdiesterases are highly conserved enzyme in prokaryotes and eukaryotes,whereas there are different protein numbers among different species.In the current study,the phylogenetic tree of the glycerolphosphdiesterase（GDE） family was constructed by neighbor joining method on the basis of the glyceraliophosphodiesterase family proteins in 8 model species.And then data mining was carried out using sequence gnment and RNA splice sites（exon/intron） analysis and transmembrane domain prediction method.The evolution view that the GDE family was divided into 3 subfamilies,namely the first subgroup of GDE5; the second subgroup containing GDE4 and GDE7; the third subgroup including GDE1,GDE2,GDE3 and GDE6,was proposed and primarily validated.

关 键 词：甘油磷酸二酯酶 分子进化 序列比对 RNA剪接位点 跨膜结构域 

分 类 号：Q55[生物学—生物化学]