柚AUX/IAA基因族的基因注释分析  

作　　者：张敬虎[1] 潘一山[1] 王少峰 邹金美[1] 陈羡德[1] 朱阳[1] 蔡文燕[1] 蓝炎阳 

机构地区：[1]福建闽南师范大学生物科学与技术学院,漳州363000 [2]福建省亚热带园艺植物研究中心,363000

出　　处：《福建热作科技》2015年第4期5-11,共7页Fujian Science & Technology of Tropical Crops

基　　金：福建省农业高校产学合作科技重大项目"龙柚特早熟株型成果产业化"(2013N5012)资助

摘　　要：以De novo转录组学方法分析柚Citrus grandis Osbeck cv.生长素/吲哚乙酸蛋白(auxin/indoleacetic acids protein,AUX/IAA)基因家族的基因。以特早熟龙柚(变异型)和琯溪蜜柚(参照型)嫩果和叶片为材料,经过RNA提取、反转录、测序、组装得到Unigene序列。Unigene序列在Nr、Swiss-Prot、KEGG和COG四大数据库中进行比对,获得AUX/IAA家族基因注释结果。采用数字基因表达标签(digital gene expression tag,DGE)技术,对样本中基因转录丰度以RPKM值表示,比较处理组和对照组的RPKM值,以倍性变化≥2确定差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。从特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中,总共注释到17个AUX/IAA基因家族基因,它们都在特早熟龙柚和琯溪蜜柚嫩果和叶片中表达。其中在龙柚嫩果(FE)和蜜柚嫩果(FL)中有1个差异表达基因(序号:035781);在龙柚叶片(LE)和蜜柚叶片(LL)中有1个差异表达基因(序号:001808)。注释到的17个AUX/IAA基因家族基因各有14个在克莱门特柚Citrus clementina和中国甜橙Citrus sinensis报道过。

关 键 词：柚Citrus grandis OSBECK cv. AUX/IAA基因 差异表达基因(DEGs) 

分 类 号：Q943.2[生物学—植物学]