猪博卡病毒GD6株的全基因序列及生物信息学分析  

作　　者：周宇[1] 谢辉 孟庆峰[3] 唐连飞[4] 朱中武[4] 佟铁铸[1] 李春萍[1] 陈燕忠[1] 罗卓军[1] 朱事康[1] 

机构地区：[1]惠州出入境检验检疫局技术中心,广东惠州516006 [2]肇庆市动物卫生监督所,广东肇庆526040 [3]吉林出入境检验检疫局,吉林长春130062 [4]湖南出入境检验检疫局,湖南长沙410004

出　　处：《畜牧与兽医》2016年第2期85-89,共5页Animal Husbandry & Veterinary Medicine

基　　金：国家质检总局项目(2014IK243)

摘　　要：为了解猪博卡病毒(PBo V)GD6株的生物信息学特征,应用生物信息学在线分析程序和生物信息学软件分析GD6株遗传进化关系,分析并预测病毒蛋白的理化性质、可溶性、信号肽、跨膜区、亲(疏)水性、翻译后修饰位点、二级结构及抗原表位,通过SWISS-MODEL程序预测NS1、VP1的三维空间结构。结果表明:GD6株与有蹄类动物博卡细小病毒5(Ungulate bocaparvovirus 5)在一个大分支,亲缘关系较近;NP1蛋白的不稳定系数为58.72,属于不稳定蛋白类,NS1,VP1和VP2蛋白属于稳定蛋白;PBo V的4种蛋白均为可溶性蛋白;二级结构预测显示4种蛋白均以无规则卷曲为主要结构;结构域分析显示,NS1蛋白拥有细小病毒NS1所具有的功能结构域,与病毒的复制有关;NP1含有多个磷酸化位点;综合多种方法分析预测VP1/VP2存在多个抗原表位。

关 键 词：猪博卡病毒 序列分析 生物信息学分析 

分 类 号：S852.65[农业科学—基础兽医学]