基于16S rRNA基因序列分析的物种辅助分类研究与实现  

A Microbial Assistant Classification Method Based on 16S rRNA Gene Sequences Analysis

作　　者：任清福 孙清岚[3] 马俊才[1,3] 

机构地区：[1]中国科学院计算机网络信息中心,北京100080 [2]中国科学院大学,北京100049 [3]中国科学院微生物研究所,北京100101

出　　处：《科研信息化技术与应用》2015年第5期48-57,共10页E-science Technology & Application

基　　金：国家高技术研究发展计划(863计划)(2014AA021501)

摘　　要：在当前的微生物领域,基于16S rR NA基因序列的分析仍然是一个重要方法,其不仅用于研究微生物多样性,而且也用于探索原核生物分类与鉴定。在本研究中,我们构建了一个参考数据集,该参考数据集包含所有原核微生物中属于被有效发表的种名的标准菌株的16S rR NA基因序列和对这些种名的系统分类。基于此参考数据集,我们开发了一个微生物快速分类工具,该工具通过把未知原核微生物的16S rR NA基因序列和数据集中的16S rR NA基因序列做序列比对及参考分类单元等级间的距离阈值来快速的定位该未知微生物所属的最有可能的分类单元,最后通过做多序列比对及系统演化树来供科研人员辅助参考。Analysis based on 16 S r RNA gene sequence remains a central method in microbiology nowadays, which is used not only to explore microbial diversity but also to classify and to identify prokaryotes. In presentstudy, we constructed a reference dataset that contains all 16 S r RNA gene sequences of the type strains of prokaryotic species with validly published names and taxonomy. Based on this dataset, we have developed a rapid microbial classification tool, which can quickly classify the unknown prokaryotic microorganisms into the most likely taxon by using its 16 S r RNA gene sequence. Finally, multiple sequence alignment and phylogenetic tree are provided for scientific researchers.

关 键 词：16S RRNA基因序列 分类单元 序列对比 

分 类 号：Q78[生物学—分子生物学]