罕见遗传位点关联性分析的近似限制性似然比统计学习  

Rare genetic variant association study via approximate restricted likelihood ratio:a statistical learning

作　　者：王婷[1] 黄水平[1] 赵杨[2] 陈峰[2] 金英良[1] 赵华硕[1] 曾平[1] 

机构地区：[1]徐州医学院公共卫生学院流行病与卫生统计学教研室,江苏徐州221004 [2]南京医科大学公共卫生学院生物统计学系,江苏南京210029

出　　处：《现代预防医学》2016年第9期1537-1541,1549,共6页Modern Preventive Medicine

基　　金：江苏省教育厅高校哲学社会科学研究基金项目(2013SJD790032);国家统计局全国统计科学研究项目(2014LY112);国家自然科学基金项目(81402765);江苏省普通高校研究生科研创新计划项目(CXLX13_574);南京医科大学公共卫生学院优秀博士论文培育项目

摘　　要：目的发展快速的似然比罕见遗传位点关联性分析方法。方法在精确分布的基础上采用混合分布作为替代。通过模拟研究来比较混合分布和精确分布;以及通过GAW17数据来验证近似的和精确的似然比检验。结果不同的混合分布参数估计方法基本获得一致的估计值。GAW17数据分析中似然比检验根据混合分布和精确分布获得p值基本一致。结论混合分布不但有效提高了似然比罕见遗传位点关联性分析方法的计算速度,也同时保持了其高的统计效能。Objective To develop computationally efficient restricted likelihood ratio test for rare variants association study. Methods The mixture distribution was proposed to approximate the exact one. Extensive simulations and the GAW 17 data were performed to evaluate the approximate and exact distributions. Results These three methods resulted in almost the identical estimates and the p values from the mixture distribution were nearly the same to those from the exact distribution. Conclusion The approximate mixture distribution substantially reduces the computation burden and it also maintains the high statistical power of the likelihood ratio test.

关 键 词：罕见变异 关联性分析 限制性似然比检验 精确分布 混合分布 

分 类 号：R195[医药卫生—卫生统计学]