利用CODEHOP克隆意蜂Hsp90基因及生物信息分析  被引量:1

Cloning and Bioinformatics Analysis of Apis mellifera Ligustica Spin Hsp90 Gene

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作  者:朱世馨 耿昕颖 王家祯 董文龙[1] 贾小营 马红霞[1] 高云航[1] 

机构地区:[1]吉林农业大学动物科学技术学院,长春130118

出  处:《上海交通大学学报(农业科学版)》2016年第3期28-34,共7页Journal of Shanghai Jiaotong University(Agricultural Science)

基  金:吉林省科技发展计划项目(20111820)

摘  要:Hsp90(heat shock protein 90)是热休克蛋白家族中重要成员,在蜜蜂多种生理调控、应激及免疫反应中起到重要作用。本研究利用CODEHOP(consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primers)法通过特定氨基酸序列设计简并引物首次克隆纯系意大利蜜蜂(Apis mellifera Ligustica Spin)Hsp90基因序列,对其进行生物信息学分析并构建系统进化树。结果表明蜜蜂Hsp90基因在进化中比较保守,经过比对意蜂与西方蜜蜂DNA序列同源性为99%;与大蜜蜂、小蜜蜂和熊蜂同源性分别为97%、97%和90%,该DNA片段编码一个由320个氨基酸组成的肽段,种属间氨基酸差异率为30%,氨基酸替代率在0.01到3.28之间。利用该方法设计简并引物,简并度低,特异性强,为蜜蜂未知功能基因克隆提供了便捷有效途径,开展Hsp90基因功能研究在遗传变异及种质资源保护中具有重要的意义。Hsp90,a significant member of the heat shock protein family,plays an important role in a variety of physiological reactions related with stress and immune response. In this study, we cloned HspgO gene from Apis mellifera Ligustica Spin with a pair of consensus-degenerate hybrid oligonucleotide primers (CODEHOP). Bioinformatics analysis indicated that the HspgO gene is highly conservative. The homologies, compared with HspgO from Apis melli f era , Apis dorsata , Apis florae, Bombus terrestris are 99% 97%,96% and 90%, respectively. This fragment encodes a peptide of 320 amino acids. The amino acid variance ratio is 30% and the substitution rate is between 0.01 and 3.28. Functional study of Hsp90 is very important in genetic variation and germplasm conservation. Designing of degenerate primers provides a convenient and effective way to clone unknown genes of the bees.

关 键 词:意大利蜜蜂 简并引物 热休克蛋白90 

分 类 号:S891[农业科学—特种经济动物饲养]

 

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