杜洛克猪全基因组连锁不平衡分析  

Genome-wide linkage disequilibrium analysis in Duroc pigherd

作　　者：刁淑琪 罗元宇 蔡迪[1] 陈桂华[1] 陈赞谋[1] 张豪[1] 李加琪[1] 张哲[1] 

机构地区：[1]华南农业大学动物科学学院,广东广州510642

出　　处：《广东农业科学》2016年第11期116-121,共6页Guangdong Agricultural Sciences

基　　金：广东省自然科学基金(2014A03031345);国家现代农业产业技术体系项目(CARS-36);华南农业大学大学生创新训练项目(201410564155)

摘　　要：利用猪Illumina Porcine SNP60K芯片对福建某核心种猪场杜洛克猪216个个体进行基因型检测，基于该高密度SNP芯片数据，运用Haploview软件计算全基因组连锁不平衡并构建杜洛克猪连锁不平衡图谱。结果表明，该杜洛克猪群体不同染色体上相邻标记间r2存在波动，波动范围为0．46～0．59，相邻标记间的平均连锁不平衡程度r^2为0．52，SSCl0的r。最低（平均为0．46），SSC6的r^2最高（平均为O．59），连锁不平衡水平随着标记间距的增加而衰减、变异程度随之减小。该研究结果可为杜洛克猪遗传分析及全基因组选择研究提供参考。In this study, we collected 216 Duroc pigs from a breeding herd in Fujian province and genotyped them with Illumina Porcine SNP60K Bead Chip. Based on the high-density SNP data, the genome-wide LD was calculated with Haploview. Results showed that LD reduced as the marker intervals increasing. The r^2 between adjacent markers ranged from 0.46 to 0.59 in the Duroc population. The mean r^2 was 0.52 among adjacent markers across the genome, with the minimum in SSC10 （r^2 =0.46 ）, and the maximum in SSC6 （r^2 =0.59 ） . This study provides useful information for further genome-wide analysis of Duroc pig.

关 键 词：猪 连锁不平衡 杜洛克 SNP 

分 类 号：S828.2[农业科学—畜牧学] Q343.1[农业科学—畜牧兽医]