334份青藏高原野生大麦群体结构及连锁不平衡水平分析  

Population Structure and Linkage Disequilibrium in 334 Wild Barley from the Qinghai-Tibetan Plateau

作　　者：宋远方[1,2] 夏腾飞[1,2] 徐金青[1,2] 王寒冬[1] 沈裕虎[1,3] 王蕾[1,3] 

机构地区：[1]中国科学院高原生物适应与进化重点实验室,西北高原生物研究所,西宁810001 [2]中国科学院大学,北京100039 [3]青海省作物育种重点实验室,西宁810001

出　　处：《西北农业学报》2017年第2期201-209,共9页Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica

基　　金：青海省应用基础研究计划项目(2013-Z-724);青海省应用基础研究计划项目(2015-ZJ-702);2013年度中国科学院“西部之光”人才培养计划“联合学者”项目;2015年度中国科学院“西部之光”人才培养计划“西部博士”项目;青海省自然科学基金(2015-ZJ-915)~~

摘　　要：利用1 389个DArT标记对334份青藏高原西藏野生大麦材料进行遗传多样性、群体结构和连锁不平衡水平分析。结果显示,参试群体DArT标记的多态性信息含量(PIC)值为0.005 6~0.500 0,平均值为0.248 9。运用贝叶斯、主坐标分析2种方法对野生大麦的群体结构进行研究。结果显示参试材料存在明显的群体分层,各个亚群中的个体不同来源、不同棱形、不同皮裸性混杂分布。以标记位点间的相关系数平方(r^2)作为衡量连锁不平衡(LD)水平的参数,在整体上,LD水平随着遗传距离的增加递减,各个染色体内也有相同的趋势,不同染色体的LD水平不同。以r^2=0.2为阈值统计,大于0.2的位点组合中,P<0.001的位点组合比例为3.31%,r^2的平均值为0.454;群体的LD衰减距离为0.3cM,衰减较快。青藏高原地区野生大麦群体结构和连锁不平衡水平的研究为杂交育种和关联图谱的构建奠定了良好的基础。The genetic diversity,population structure,and extent of linkage disequilibrium （LD） were investigated at a genome-wide level in 334 wild barley （Hordeum vulgare L. ssp. vulgare） from the Qinghai-Tibetan Plateau using 1 389 polymorphic diversity array technol-ogy （DArT） markers. The mean polymorphism information content （PIC） of the DArT markers ranged between 0.005 6 and 0.500 0 with an average of 0.248 9. Bayesian supported that all wild barley accessions from this region are divided into two distinct subpopulations; the individuals of each subpopulation are mixed distribution with different form and different skin naked. The LD values,expressed as r,statistical threshold for r=0.2,there are 3.31% of marker pairs （P〈0.001） when r 〉 0.2,the average of r were 0.454; the LD levels in different chromosomes which of the same accessions are also different. The LD values declined with increasing genetic distance,and the same tendency occurred on each chromosome. The attenuation distance of the population is 0.3 cM,decaying rapidly. Our results discerned relevant patterns of genetic diversity,population structure,and LD among members of a Qinghai-Tibet Plateau wild barley accessions have important implications for further practical breeding and studies on association mapping.

关 键 词：大麦 DArT标记 群体结构 连锁不平衡 

分 类 号：S512.3[农业科学—作物学]