肠道病毒-D68型流行株3C和3D蛋白结构域序列和结构特征比较分析  

Comparison and analysis of sequence and structure characteristics of 3C and 3D protein structure domains in enterovirus -D68

作　　者：杨泽宁[1] 郑惠文[1] 李嘉祺[1] 李洪哲[1] 郭磊[1] 王晶晶[1] 李恒 宁若彤 范海涛 黄星 储曼曼 刘龙丁[1] 

机构地区：[1]中国医学科学院北京协和医学院医学生物学研究所云南省重大传染病疫苗研发重点实验室,昆明650118

出　　处：《国际病毒学杂志》2018年第1期29-34,共6页International Journal of Virology

基　　金：云南省联合支持国家项目（2015GA010）重大新药创制科技重大专项（2014ZX09102042）

摘　　要：目的 利用生物信息学的方法,探究不同亚型肠道病毒-D68型（EV-D68）的3C和3D非结构蛋白序列及结构是否存在差异.方法 通过将近年来世界各国EV-D68流行株（主要为中国株和美国株）的VP1核酸序列进行比对,利用邻接法（Neighbor-Joining）构建系统进化树进行分型,选取各型的代表株,利用其3C和3D蛋白的核酸序列构建进化树并同时利用其氨基酸序列进行同源建模,以进行蛋白质结构分析.结果 通过分析发现,EV-D68 Clade A、CladeB亚型毒株3D蛋白的三级结构均相同;而在3C蛋白的三级结构中,Clade B1亚型的毒株与Clade A、Clade B2和CladeB3亚型毒株存在差异.结论 3C蛋白的三级结构上的差异可能导致EV-D68 Clade B1亚型毒株的毒力和致病性高于Clade A、Clade B2和Clade B3亚型毒株.Objective Using bioinformatics method,we explored the sequence and structure differences in 3C and 3D nonstructural proteins of different clades of EV-D68 （enteric virus D68）.Methods The VP1 nucleic acid sequences of the popular strains （mainly Chinese strains and American strains） in the world in recent years were compared,by using the Adjacency method （NeighborJoining） to construct the phylogenetic tree.Also,we selected the representative strains of each type to construct the evolutionary tree of 3C,3D nucleic acid sequences,and used their amino acid sequence to do the structural analysis by homologous modeling.Results The results showed that the tertiary structure of the 3D proteins of clade A and clade B were the same for EV-D68,while the clade B1 was different from the clade A,clade B2 and clade B3 in the tertiary structure of 3C protein.Conclusions The difference of the tertiary structure of 3C protein may lead to the higher virulence and pathogenicity of clade B1 than clade A,clade B2 and clade B3.

关 键 词：人肠道病毒D型 衣壳蛋白质类 病毒非结构蛋白质类 基因 

分 类 号：R373.2[医药卫生—病原生物学]