BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3生物信息学分析  

Bioinformatics analysis of BVDV isolate non-structural protein NS3 from Xinjiang

作　　者：张倩 何延华[1] 韩猛立[1] 黄新[1] 张星星[1] 吴桐忠[1] 钟发刚[1] 王震[2] ZHANG Qian;HE Tinghua;HAN Mengli;HUANG Xin;ZHANG Xingxing;WU Tongzhong;ZHONG Fagang;WANG Zhen

机构地区：[1]新疆农垦科学院省部共建绵羊遗传改良与健康养殖国家重点实验室,新疆石河子832000 [2]石河子大学动物科技学院,新疆石河子832000

出　　处：《黑龙江畜牧兽医》2020年第14期73-76,152,153,共6页Heilongjiang Animal Science And veterinary Medicine

基　　金：兵团区域创新引导计划项目(2017BA038;2018BB036);兵团重点领域科技攻关计划项目(2019AB029)。

摘　　要：为了了解牛病毒性腹泻病毒(BVDV)非结构蛋白NS3的基本结构与生物学功能,试验利用Protparam,ProtScale,TMHMM,SignalP,Virus-mPLoc,SOPMA,Phyre 2,NetOGlyc 4.0 Server,NetPhos 3.1 Server,NetAcet 1.0 Server,Predicting Anti-genic Peptides,ABCpred,NetMHCIIpan 3.1 Server等软件,对BVDV新疆分离株非结构蛋白NS3进行生物信息学分析,包括NS3蛋白的理化性质、亲水性、跨膜区、信号肽和亚细胞定位,预测二级结构和三级结构、抗原决定簇、潜在的B细胞抗原表位和T细胞抗原表位,评估糖基化、磷酸化和乙酰化修饰位点。结果表明:BVDV新疆分离株(GenBank登录号为JN704144.1)的非结构蛋白NS3共有683个氨基酸,包含20种氨基酸,分子式为C3338H5328 N914 O1009 S27,相对分子质量为75274.16,理论等电点为8.15。266个氨基酸参与无规律卷曲的形成,213个氨基酸参与α-螺旋的形成,147个氨基酸参与延伸链的形成,57个氨基酸参与β-转角的形成;构建的三级结构模型可信度为100%,蛋白覆盖率为91%;该蛋白质含有20个潜在的糖基化修饰位点,74个磷酸化修饰位点。该蛋白含有26个潜在抗原决定簇,其中B细胞抗原表位7个。对非结构蛋白NS3的CD4+抗原表位进行预测,得到78个肽段,其中有15个强结合肽段和63个弱结合肽段。说明该蛋白具有较好的免疫原性,为亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,定位于宿主的细胞质中。

关 键 词：牛病毒性腹泻病毒 非结构蛋白NS3 抗原表位 跨膜区 信号肽 修饰化位点 

分 类 号：S852.65[农业科学—基础兽医学] Q78[农业科学—兽医学]