铁皮石斛转录组微卫星序列统计分析  

Statistics and comparative analysis of microsatcllite sequence in the transcriptome of Dendrobium officinale

作　　者：石汝杰 张元媛 蒋雪梅 戚文华 SHI Rujie

机构地区：[1]重庆三峡学院生物与食品工程学院,重庆404120 [2]重庆三峡学院环境与化学工程学院,重庆404120

出　　处：《浙江农业科学》2020年第11期2241-2244,共4页Journal of Zhejiang Agricultural Sciences

基　　金：国家自然科学基金(31702032);重庆市教委自然基金(KJ1401021)。

摘　　要：为揭示铁皮石斛全基因组SSRs序列分布规律,采用微卫星序列搜索和统计软件MSDB v2.4对铁皮石斛全基因组中完整型微卫星序列及其特征进行生物信息学分析。结果表明:铁皮石斛微卫星序列总数量为215661个位点,微卫星序列长度为4.07 Mb,占全基因组总长度的比率为0.44%,其总丰度为213.84个·Mb^-1,总密度为4031.927 bp·Mb^-1。铁皮石斛全基因组SSRs各重复类型中,单核苷酸SSRs序列出现频率最高(47.49%),其次是二核苷酸SSRs序列>三核苷酸SSRs序列>四核苷酸SSRs序列>五核苷酸SSRs序列>六核苷酸SSRs序列,微卫星重复类型中,富含A和T,而富含G和C碱基的微卫星出现频率较少。研究结果可为后续铁皮石斛遗传多样性的研究及SSR引物筛选提供依据。

关 键 词：铁皮石斛 基因组 微卫星 生物信息学 

分 类 号：S567[农业科学—中草药栽培]