iPath在生物海洋学中的应用  

Application of iPath on biological oceanography

作　　者：舒王欣泽 孙军[2] SHU Wangxinze;SUN Jun(Institute of Marine Science and Technology,Shandong University,Qingdao 266000,China;Research Centre for Indian Ocean Ecosystem,Tianjin University of Science and Technology,Tianjin 300457,China)

机构地区：[1]山东大学海洋研究院,山东青岛266000 [2]天津科技大学印度洋生态系统研究中心,天津300457

出　　处：《海洋通报》2020年第5期581-593,共13页Marine Science Bulletin

基　　金：国家自然科学基金(41876134,41676112);天津市自然科学重点基金(17JCZDJC40000);天津市“131”创新群体项目(20180314);天津市高等学校创新团队培养计划(TD12-5003);长江学者奖励计划(T2014253)。

摘　　要：iPath是一个用于细胞路径可视化和代谢途径分析的免费网页应用程序。iPath中的路径是通过交互式浏览器查看的,它提供各种代谢途径的直接导航,使人们能够方便地访问相关的化合物和酶。本文简要介绍了最新的iPath3.0版本(http://pathways.embl.de)(基于4个KEGG的全局地图,158个传统的KEGG路径图,192个KEGG模板,以及其他代谢元素,组成了一个相互连接、手工绘制的代谢网络),并举例说明其在生物海洋学研究中的应用,以期引起国内学者对此工具的重视,促进其在生物海洋学研究中的应用。iPath is a free web application for cell pathway visualization and metabolic pathway analysis.The pathways in iPath are viewed through an interactive browser,providing direct navigation of various metabolic pathways and easy access to related compounds and enzymes.This paper briefly introduces the latest version of iPath3.0(http://pathways.embl.de),which is based on four KEGG global maps,158 traditional KEGG path maps,192 KEGG templates,and other metabolic elements,which constitute an interconnected,hand-drawn metabolic network.We write this review to draw the attention of iPath for the future biological oceanography applications.

关 键 词：iPath 代谢途径 可视化 KEGG路径 组学 

分 类 号：Q819[生物学—生物工程]