直接测序法构建圈养大熊猫MHC遗传档案  

MHC Genotyping for Captive Giant Pandas by PCR Sequencing

作　　者：朱英[1] 李裕冬[1] 何鸣 胡兰 吴虹林 ZHU Ying;LI Yudong;HE Ming;HU Lan;WU Honglin(Sichuan Provincial Academy of Natural Resource Sciences,Chengdu 610015,China;China Conservation and Research Center for the Giant Panda,Dujiangyan,Sichuan Province 611800,China)

机构地区：[1]四川省自然资源科学研究院,成都610015 [2]中国大熊猫保护研究中心,四川都江堰611800

出　　处：《四川动物》2021年第1期46-52,共7页Sichuan Journal of Zoology

基　　金：濒危动物保育关键技术及科普旅游示范项目(四川省科学技术厅省院省校科技合作研发项目:2018JZ0009);大熊猫保育关键技术应用示范项目(峨眉山市科技局重点项目)。

摘　　要：主要组织相容性复合体(MHC)基因的遗传参数是濒危动物圈养遗传管理的重要参考依据。本研究通过建立MHC基因分型的直接测序方法,对中国大熊猫保护研究中心圈养的91只大熊猫Ailuropoda melanoleuca进行了3个Ⅰ类MHC基因(Aime-C、Aime-I、Aime-L)和4个Ⅱ类MHC基因(Aime-DQA1、Aime-DQA2、Aime-DQB1、AimeDRB3)的遗传变异分析,发现该圈养种群拥有22条Ⅰ类MHC基因和23条Ⅱ类MHC基因,包括3条新发现的Ⅰ类MHC基因,分别命名为Aime-I*08、Aime-L*08和Aime-L*09。Aime-L*08与已报道的Aime-L*02、Aime-L*09与已报道的Aime-L*04的相似率分别为99.8%(1个碱基差异)和99.6%(2个碱基差异)。直接测序法可直接对长片段的Ⅰ类MHC基因区域进行分型,且仅需掌握PCR扩增技术,不需要掌握聚丙烯酰胺凝胶电泳技术以及银染的显色技术,便于各繁育基地开展大熊猫MHC遗传档案的建立工作。此方法对我国大熊猫圈养种群的遗传管理体系的进一步完善具有重要的应用价值。Major histocompatibility complex (MHC) genes provide important genetic parameters for captive management of endangered animals. We constructed MHC genotyping by PCR sequencing and evaluated genetic variation using 3 MHC class Ⅰ genes ( Aime -C, Aime -I and Aime -L) and 4 MHC class Ⅱ genes ( Aime -DQA1, Aime -DQA2, Aime -DQB1 and Aime -DRB3) by PCR sequencing for 91 giant pandas from China Conservation and Research Center for the Giant Panda. We found 22 MHC class Ⅰ alleles and 23 MHC class Ⅱ alleles, including 3 new alleles and named them Aime -I*08 , Aime -L*08 and Aime -L*09 , respectively. The Aime -L*08 shows 99.8% similarity to Aime -L*02 (1 base difference) and Aime -L*09 shows 99.6% similarity to Aime -L*04 (2 bases difference). The current method does not require polyacrylamide electrophoresis and silver staining, but only PCR amplification, and could be used for long-fragment genotyping. Therefore, it could be wildly used in panda breeding centers for MHC genotyping. This study provides important method for captive genetic management in giant panda.

关 键 词：大熊猫 MHC基因 遗传管理 PCR测序法 

分 类 号：Q38[生物学—遗传学] Q959.838[生物学—动物学]