熊猫EST序列的生物信息学分析  

作　　者：张帅团 邵俊红 白俊艳[2] 樊红灯 陈梦柯 牛程炜 王龙威 李静云 王新乐 王亮 

机构地区：[1]汝州市动物卫生监督所,河南汝州467500 [2]河南科技大学动物科技学院,河南洛阳4710233 [3]洛阳市瀍河回族区动物卫生监督所,河南洛阳471023

出　　处：《当代畜禽养殖业》2021年第5期29-31,共3页Modern Animal Husbandry

基　　金：河南科技大学校本研究项目。项目名称:河南科技大学学生创新创业能力提升策略。项目编号:XBYJ2020016。。

摘　　要：熊猫是我国的国宝,是生物界的“活化石”。但是由于种种原因,熊猫的数量逐渐减少,其中繁殖率低是一个很重要的因素。所以通过各种方法提高熊猫的繁殖率就显得尤为重要,而熊猫基因组序列图谱的绘制不失为解决这一问题的好办法之一。本文运用生物信息学方法分析了公共数据库中熊猫EST序列,以期为熊猫基因组学研究提供科学依据。研究结果表明:从NCBIdbEST数据库中获得709条熊猫的EST,并对其预处理、拼接和聚类,获得46条Contig和527条singlets。利用在线软件SSRIT对636条EST进行SSR筛选分析,共获得150个SSR,出现频率26.17%,平均每1.79 kb就出现一个SSR。熊猫EST—SSR中二核苷酸SSR最多为124条,比例为82.67%;其次是三核苷酸,共有21条,比例为14%;四核苷酸共有5条,比例为3.33%;不包含五、六核苷酸。熊猫EST—SSR一共有31种重复基元,其中出现最多的是AT/AT和AG/CT。在筛选出的150条SSR中,重复数为4次的SSR有117个,重复数为5次的有19个,6次的有8个,7次的有1个,8次的有3个,9次的有2个。对部分含有SSR的EST序列进行了开放阅读框查找和理化性质分析,其中除6条未能找到开放阅读框外,其他的EST都能找到开放阅读框,最大的开放阅读框为561 bp,最小的为75 bp。

关 键 词：熊猫 EST SSR 生物学信息 

分 类 号：S852.659.4[农业科学—基础兽医学]