基于家蚕中肠、脂肪体转录组数据的SNP/Indels位点分析  

Detection of SNP/Indels loci from transcriptome in midgut and fat body of Bombyx mori

作　　者：王晖 高妍夏 孙志超 王敬 李季生 李娜 黄露 贾漫丽 谢岩 Wang Hui

机构地区：[1]承德医学院蚕业研究所/河北省高校特产蚕桑应用技术研发中心,河北承德067000

出　　处：《江苏农业科学》2022年第3期9-15,共7页Jiangsu Agricultural Sciences

基　　金：河北省自然科学基金青年基金(编号:C201806033);河北省高等学校科学技术研究项目(编号:BJ2018032);承德医学院高层次人才科研启动基金(编号:201604);河北省科技厅“技术创新引导专项-科技工作会商”。

摘　　要：为了解家蚕转录组中SNP/Indel位点的分布及序列特征,采用转录组测序技术对2个品种彩4、东肥家蚕的中肠、脂肪体组织分别进行高通量测序,并对含有SNP/Indel位点的基因功能进行GO、KEGG注释。结果表明,家蚕中肠、脂肪体转录组数据质量合格,分别检索到10万、7万多个SNP/Indel位点。脂肪体的SNP位点数量均少于中肠;彩4、东肥脂肪体每个unigene上的平均SNP位点数量分别为5.84、5.31;中肠每个unigene上的平均SNP数量分别为7.69、7.31个。SNP类型中,转换均高于颠换。A/G、C/T 2种转换类型在所有SNP类型中所占比例最高,颠换类型中则是A/T占比最高。脂肪体组织的Indel位点数目都小于中肠。插入突变的数目均高于缺失突变;在插入突变和缺失突变的核苷酸类型中,单核苷酸占比最高。下游区分布的SNP/Indel位点数最多,其次是外显子与基因间隔区。含有SNP/Indel位点的unigene主要富集在与物质代谢、能量代谢紧密相关的通路。说明转录组SNP/Indel位点非常丰富,可为家蚕品种鉴定、亲缘关系鉴定、遗传育种等提供基础信息。

关 键 词：家蚕 转录组 单核苷酸多态性 插入缺失 分布规律 

分 类 号：S882.2[农业科学—特种经济动物饲养]